Закладена в жовтні 1905 р. на заводі Крейтона на Охте в Петербурзі. 14.06.1907 р. човні присвоєно найменування "Алігатор". Спущена на воду 3 травня 1908 Попередні випробування проводилися в Кронштадті в вересні-жовтні. В кінці жовтня човен відбуксирували в Петербург до Нового Адміралтейству, де були продовжені роботи по добудові човна. 30 жовтня 1909 човен вийшов у Бьерке-Зунд для проведення заводських випробувань. Під час одного з виходів на човні зламався колінчастий вал бензіномоторов правого борту. Причиною поломки виявилося низька якість сталі. З огляду на безліч виявилися недоліків за погодженням з фірмою С. Лека 20 листопада 1909 човен була прийнята до скарбниці для добудови. У зимовий період 1909-1910 рр.. на човні проводилися роботи з усунення виявилися на випробуваннях недоробок.
Здавальні випробування почалися в червні 1910 р. 12 серпня човен занурилася в Бьерке-Зунд на 33,8 м. 29 жовтня човен перейшла з Кронштадта в Ревель. Взимку 1910-1911 рр.. в Ревелі виконувалися роботи по переробкам човни, викликані виявилася, на випробуваннях перевантаженням. Після проведення додаткових випробувань, що закінчилися 11.07.1911 р., ПЛ "Алігатор" 28.08.1911 зарахована до складу кораблів діючого флоту. Використовувалася для навчання особового складу Навчального загону підводного плавання. У 1912 р. брала участь у маневрах, у 1913 р. відпрацьовувала тактику позиційної служби.
З початком першої світової війни взяла активну участь в бойових операціях флоту. У 1914 році зробила 4 короткочасних бойових виходу. 10 жовтня 1914 спільно з ПЛ "Акула" човен була направлена в район Дагерорта. При виході з Соелозунда обидва човни сіли на мілину. ПЛ "Акула" знялася з мілини самостійно. Для знімання ПЛ "Алігатор" була послана канонерський човен "Хоробрий", а для прикриття крейсера "Громобій" і "Адмірал Макаров". При зйомці з мілини в човна був погнутий вал. Знову вийти на бойову позицію човен змогла лише 15 грудня. У зимовий період 1914-1915 рр.. перебувала в Ревелі у ремонті. 13 червня 1915 човен знаходився на бойової позиції в районі Богшера. О 22 годині командир човна капітан 2 рангу Р. Вільронд, перебуваючи в підводному положенні, визначив, що назустріч йому йде крейсер типу "Німфа" з двома міноносцями. Було випущено 3 торпеди - з двох апаратів Джевєцького та одного носового трубчастого. Відразу після залпу човен пішла на глибину 18 м. Всі три торпеди пройшли попереду носа крейсера. На човні ж був почутий вибух, прийнятий за вибух торпеди. Спливши через 10 хвилин під перископ, командир визначив, що в районі знаходиться вже 4 міноносці, охороняють якесь велике судно. Як з'ясувалося згодом, слідом за цією групою йшов мінний загороджувач "Альбатрос" з 350 протичовновими мінами для постановки мін в районі Богшера. Вирішивши, що це пошкоджений крейсер, командир з відстані 8 каб. атакував його, випустивши торпеду з носового апарату. Вибуху не було чутно. Човен пішла на глибину 18 м. При спробах спливти щоразу командир спостерігав поблизу човна силует корабля, що йде на човен. І тільки в 2 ч. 55 хв. ночі, виринувши на поверхню, командир незабаром зрозумів, що знаходиться безпосередньо в районі постановки мін. З обох бортів і за курсом човни були виявлені плаваючі міни зі скляними ковпачками. Очевидно, що під загрозою повторних атак підводних човнів німці скидали міни нашвидку, не приготувавши їх як слід, в результаті чого міни спливали і стояли без дотримання необхідних інтервалів.
З великими труднощами, йдучи під електромоторами, командир вивів човен на чисту воду, пройшовши шлях в 4,25 милі по мінному полю, обійшовши до 60 хв. Штурман визначив кордони мінних полів і через кілька хвилин в ефір пішла повідомлення про небезпеку. Вранці того ж дня російські крейсери повинні були проходити через ці місця. За виявлену мужність, запобігти загибелі підводного човна, перешкоджання мінної постановці і своєчасний доповідь командуванню флоту про виявлений ПЛ "Алігатор" мінному полі, капітан 2 рангу Р. Вальронд був нагороджений мечами та бантом до ордена "Святої Анни III ступеня".
2 серпня 1915 на ПЛ "Кайман", що йшла на глибині 9 метрів, скинув дві бомби німецький цепелін. 13 серпня ПЛ проходила Ірбенській протоці і, виявивши 2 міноносці, прийняла їх за своїх. Міноносці відкрили вогонь по човну, після чого човен пішов на занурення. Глибина в місці занурення була 9 метрів, а поглиблення човна на перископной глибині становило 12,5 м. Човен повзла по грунту близько 4-х миль, при цьому надбудова залишалася над водою, потім досягла необхідних глибин, занурилася повністю і відірвалася від німецьких міноносців. Увечері того ж дня атакувала крейсер "Піллау", але була виявлена; крейсер ухилився від торпед, конвойні міноносці відкрили по човну артилерійський вогонь. Занурившись на глибину 15 м і пройшовши під водою 40 хвилин, човен знову відірвалася від переслідування. 23 жовтня ПЛ "Кайман" затримала німецький пароплав "Герта Біхт" з вантажем лісу і передала його міноносця "Слухняний".
Команда "Алігатора" подарувала своєму командирові кортик з написом: "Нашому бойовому командиру Ростиславу Костянтиновичу Вальронду команда підводного човна" Алігатор "за хоробрість". Ця реліквія зберігається в Центральному Військово-морському музеї в Санкт-Петербурзі.
Всього човен здійснила 12 бойових походів, 33 добу перебувала у походах, 21 добу провела на бойових позиціях, 4 рази атакувала ворожі кораблі, випустила 10 торпед. Взимку 1915-1916 рр.. дислокувалася в Ревелі. Із-за великих пошкоджень надбудови (надбудова сильно текла, в кінцеві цистерни на годину набиралося до 12 тонн води) ремонт човна визнали недоцільним.
12 травня 1916, повернувшись з походу, командир човна доповів про необхідність ремонту палуби надбудови. Було прийнято рішення корабель роззброїти і 7 липня 1916 р. "Алігатор" перевели в клас портових судів, але залишили у складі Дивізії підводних човнів в якості плавучої зарядовим станції для подачі електроенергії і повітря на бойові підводні човни. 4.05.1917 р. човен була здана до порту. На початку 1918 р. човен знаходився в Ревелі, де 25 лютого була захоплена німецькими військами. Імовірно ПЛ уведена в Німеччину, де була розрізана на металобрухт.
Тактико-технічні елементи
Довжина, м 41
Ширина, м 4,2
Осаду, м 4,9
Водотоннажність надводна / підводне, т 409 / 482
Потужність двигунів надводного / підводного ходу, к.с. 2х400 / 2х200
Швидкість надводного / підводного ходу, вузл. 8,4 / 7,0
Дальність плавання надводним / підводним ходом, миль 700 / 1922
Глибина занурення, м 50
Озброєння
47 мм артилерійське знаряддя (встановлено на початку війни) 1
Торпеди в трубчастих торпедних апаратах (2 носових, 2 кормових) 4
Торпеди в зовнішніх гратчастих апаратах Джевецького 2