[ Інфрачервона спектроскопія і спектроскопія кругового дихроїзму Методи визначення вторинної ] | 0.14 | 1.06 | ||||||
2 | 0.56 | -0.47 | -0.06 | -0.04 | -0.07 | -0.01 | -0.09 | -0.76 |
3 | 0.06 | 0.38 | -0.12 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.01 | -0.18 |
4 | 0.00 | 0.06 | 0.27 | -0.04 | -0.02 | 0.00 | 0.03 | -0.06 |
5 | -0.01 | -0.01 | 0.02 | 0.16 | 0.02 | 0.05 | 0.00 | -0.03 |
Отже, вісім описані в даному методі стандартних структурних класів, взагалі кажучи, не є строго незалежними, тому що всі вони також можуть бути описані за допомогою п'яти незалежних "суперструктуру", описаних вище.
Для застосування даного методу до аналізу спектрів КД довільних білків необхідно, щоб аналізований спектр також бути знятий в діапазоні від 178 до 260 нм. Оскільки при його апроксимації базисними спектрами розглядається лише невеликий їх набір, то проблеми, пов'язаної з нестійкістю методу найменших квадратів, не виникає. Однак, очевидно, що прийнятні результати можливо отримати тільки в тому випадку, якщо структурні характеристики досліджуваного білка досить добре представлені серед базисних білків. Для встановлення достовірності отриманих результатів автори методу рекомендують використовувати метод найменших квадратів без обмежень на коефіцієнти розкладання (дивись умови (1.2.2)). При цьому великі за модулем негативні коефіцієнти або велике відхилення їх суми від одиниці свідчать про те, що метод у даному випадку непридатний. Детальніше про це критерії буде говоритися в наступному розділі.
Метод "вибору змінних" [7]. Про бично метод найменших квадратів, використовуваний для подання довільного спектру КД у вигляді лінійної комбінації базисних спектрів, має в порівнянні з іншими методами найбільшу гнучкість. Це проявляється в тому, що спектри базисних білків беруть участь в розкладанні в різній мірі залежно від характеру конкретного спектру. Однак, експерименти показують, що найкраще відтворення форми спектра не завжди дає найкращі результати. Більш того, метод найменших квадратів виявляється нестійким до експериментальної помилку, якщо число використовуваних в розкладанні базисних спектрів перевищує інформаційний зміст аналізованого спектру (для спектрів в діапазоні 178-260 нм воно приблизно дорівнює п'яти, а в діапазоні 190-260 нм - чотирьом).
Метод "регуляризації" [4] вирішує цю проблему за допомогою "регуляризатора", який стабілізує систему, залишаючи їй при цьому значну гнучкість. Метод "ортогональних спектрів" [5,6] досягає стійкості методу найменших квадратів за рахунок використання тільки п'яти ортогональних базисних спектрів, побудованих на основі вихідного набору спектрів базисних білків. Однак, оскільки базисні спектри побудовані на основі фіксованого набору спектрів базисних білків, ступінь участі останніх при відтворенні аналізованого спектру також виявляється в деякій мірі фіксованого, а гнучкість методу - вкрай низькою.
Метод "вибору змінних", суть якого буде описана нижче, заснований на методі "ортогональних спектрів", але має значною гнучкістю, що досягається за рахунок використання при побудові ортогональних базисних спектрів різних наборів базисних білків, обираних за допомогою статистичної процедури "вибору змінних". Розглянемо зміст цієї процедури більш докладно.
Передбачення вторинної структури білка за його спектру КД повинне відповідати двом важливим умовам:
Величини вмісту в білку розглянутих структурних елементів не повинні бути негативними: .
Сумарний вміст у білку всіх розглянутих типів структур має бути дорівнює одиниці (100%): .
Друга умова є особливо важливим при аналізі конформаційних змін білка при денатурації або зв'язування будь-яких лігандів. У всіх методах, описаних вище, обидва ці умови вводяться безпосередньо в процедуру знаходження коефіцієнтів за допомогою методу найменших квадратів. Однак таке обмеження на коефіцієнти може досить помітним чином спотворити результати цієї процедури.
Для подолання подібних недоліків автори даного методу не користуються умовами (1) і (2) і допускають існування негативних коефіцієнтів і відхилення їх суми від одиниці. Поява подібних невідповідностей свідчить про неуспіх методу і може бути пояснено наявністю у деяких базисних білків таких структурних форм, вкладів яких в спектр досліджуваного білка не було виявлено. Для уникнення подібних ситуацій вводиться процедура "вибору змінних", яка по черзі виключає білки з вихідного базисного набору, а потім проводить обчислення з кожної з отриманих комбінацій базисних білків, використовуючи метод "ортогональних спектрів". Експерименти показали, що достовірність результатів значно підвищується в міру того, як сума коефіцієнтів наближається до одиниці. Підвищення точності аналізу було досягнуто навіть при аналізі спектрів в скороченому діапазоні (190-260 нм).
Оскільки заздалегідь не відомо, які з базисних білків містять елементи, які відсутні у досліджуваного білка, і спектри яких необхідно виключити з початкового набору для покращення результатів, розглядаються всі можливі комбінації з вихідного набору 16 базисних спектрів. Ця процедура виконується в наступному порядку. Спочатку з вихідного набору виключаються по черзі по три базисних спектра на кожному кроці, а ортогональні базисні спектри будуються на основі залишилися 13 вихідних базисних спектрів. Порівняння результатів, отриманих для різних наборів з 13 базисних білків, виявляє один або два білки, які були причиною відхилень коефіцієнтів і їх суми від умов (1) і (2). Ці білки виключаються з вихідного набору, і процедура повторюється до тих пір, поки не будуть отримані задовільні результати.
Критеріями задовільного рішення, відповідного оптимальному набору базисних спектрів, є наступні умови:
Сума коефіцієнтів повинна знаходитися в діапазоні від 0.96 до 1.05 (або, принаймні, від 0.90 до 1.10).
Значення вмісту довільній структурної форми в досліджуваному білку ( ) Повинно бути вище - 0,05.
Відтворення аналізованого спектра на основі обраного набору базисних спектрів повинно бути краще, ніж при використанні повного їх набору.
Більш кращим є набір, що містить більше число базисних спектрів.
Кращими є ті білки, спектри яких ближче до аналізованого спектру.
На практиці в більшості випадків задовільних результатів вдається досягти при виключенні з вихідного набору всього трьох чи чотирьох білків, причому середньоквадратична помилка при відтворенні аналізованого спектра становить менше 0.2 одиниці De. Якщо кілька наборів базисних білків виявляються задовільними в однаковій мірі, то результати, отримані на їх основі, усереднюються.
На закінчення можна відзначити, що метод "вибору змінних" є потужним засобом аналізу спектрів КД білків в ситуаціях, коли інші распространеннние методи дають свідомо невірні результати.
Порівняння різних методів аналізу спектрів КД. Оскільки всі методи аналізу спектрів КД мають суто емпіричний характер, кожен з них потребує експериментальної перевірки на білках з відомими рентгеноструктуровим даними. Зазвичай подібна перевірка проводиться на білках, включених до базовий набір для даного методу. При цьому білки по черзі виключаються по одному з цього набору, а їх спектри аналізуються на основі спектрів залишилися білків. Після цього результати, отримані для кожного типу вторинної структури, порівнюються зі значеннями, отриманими при рентгеноструктурному аналізі, за допомогою підрахунку коефіцієнта кореляції між цими двома наборами даних, що визначається наступним виразом:
. (1.2.22)
Тут і - Експериментальний і розрахований набори даних, n - число білків у базисному наборі. Значення коефіцієнта кореляції r лежать в діапазоні від - 1 до 1, причому значеія r, близькі до 1, свідчать про успішне пророкуванні, що характеризується досить високою точністю. Значення r, близькі до 0 або - 1, говорять про випадковий збіг або повному невідповідність розрахованих і експериментальних даних.
Нижче наведені значення коефіцієнтів кореляції для чотирьох розглянутих методів: методу "еталонних спектрів" [2,3], методу "регуляризації" [4], методу "ортогональних спектрів" [5,6] та методу "вибору змінних" [7]:
метод | діапазон, | коефіцієнт кореляції r | |||||
нм | a | b ¯ | b | b ¯ + | b-виг. | Ост. | |
[2,3] | 190-240 | 0.85 | - | - | 0.25 | -0.31 | 0.46 |
[4] | 190-240 | 0.96 | - | - | 0.94 | 0.31 | 0.49 |
[5,6] | 190-260 | 0.98 | 0.40 | 0.00 | -0.27 | 0.18 | 0.24 |
[7] | 190-260 | 0.95 | 0.57 | 0.47 | 0.45 | 0.54 | 0.69 |
[4] | 178-260 | 0.96 | 0.23 | 0.39 | 0.12 | 0.51 | 0.64 |
[5,6] | 178-260 | 0.98 | 0.55 | 0.63 | 0.54 | 0.30 | 0.61 |
[7] | 178-260 | 0.97 | 0.78 | 0.67 | 0.76 | 0.49 | 0.86 |
1.3 Робота з пакетом програм STRUCTURE з аналізу спектрів КД білків
Пакет програм STRUCTURE розроблений в інституті білка РАН (1991-1992 К. С. Василенко). Він призначений для аналізу спектрів кругового дихроїзму білків і визначення їх вторинної структури. Алгоритм аналізу спектрів заснований на методах, описаних вище. Пакет STRUCTURE складається з наступних програм і допоміжних файлів:
STRUCTURE (файл structur. Exe) - програма, що забезпечує інтерфейс для всіх програм пакета, що дозволяє також створювати і редагувати файли даних в універсальному для всіх програм форматі.
CONTIN (файл contin. Exe) - програма, яка визначає вторинну структуру білка методом "регуляризації" [4].
PROVCD (файл provcd. Exe) - програма, що здійснює проведення статистичного тесту для програми CONTIN.
DEF _ CLASS (файл def _ clas. Exe) - програма, яка визначає тип третинної структури білка.
CDESTIMATE (файл cdestima. Exe) - програма, яка визначає вторинну структуру білка методом "еталонних спектрів" [3].
VARSELEC (файл varselec. Exe) - програма, яка визначає вторинну структуру білка методом "ортогональних спектрів" з процедурою "вибору змінних" [7].
RUN. BAT - командний файл, що використовується для запуску програм пакету в умовах недостатнього обсягу оперативної пам'яті.
*. DAT - файл, що містить спектр КД білка, а також дані про його вторинної структурі (якщо вони відомі).
*. GRP - файл, що містить список базисних спектрів КД (що належать одній з базисних груп).
*. STR - файл, що містить набір структурних типів (елементів вторинної структури білка).
Після запуску файлу structur. Exe на екрані з'являється головне меню програми, що складається з наступних пунктів:
File - створення і редагування файлів даних;
Group - створення і редагування груп базисних спектрів КД білків;
Calculate - вибір методу аналізу, аналізованого спектру, групи базисних спектрів, запуск обчислень і перегляд результатів;
Options - вибір набору структурних типів;
Setup - зміна колірного оформлення вікон програми;
Quit - вихід з програми.
У нижній частині екрана розташовуються три вікна, що містять інформацію про аналізованому спектрі КД (Protein), а також про обрані для аналізу групі базисних спектрів (Group) і наборі типів вторинної структури білка (Structures).
Створення та редагування файлів даних. Створення та редагування файлів даних здійснюється за допомогою команд меню File / Create і File / Edit відповідно. У файл необхідно внести наступну інформацію:
Коментар довжиною не більше 45 символів (пункт меню Comment).
Ідентифікатор довжиною не більше 7 символів, який стає ім'ям файлу і автоматично набуває розширення. Dat (пункт меню Identificator).
Вміст у білку (відносні частки) різних типів вторинної структури за даними рентгеноструктурного аналізу (пункт меню Structure data). Ці дані необхідні тільки у випадку використання вводиться спектру надалі як базисного.
Діапазон і крок за довжинами хвиль, а також сам спектр КД (пункт меню Spectrum). Для програми CDESTIMATE діапазон аналізованого спектру не повинен бути ширше, ніж 240 - 190 нм, а крок повинен бути рівний 1 нм або більше. Для програми CONTIN кількість точок в аналізованому спектрі не повинно перевищувати 51. Для програм CONTIN, VARSELEC і PROVCD діапазон аналізованого спектру не повинен бути ширше діапазону базисних спектрів, а крок повинен збігатися з кроком базисних спектрів.
Після уведення всієї перерахованої вище інформації необхідно зберегти її за допомогою пункту меню Save. При необхідності можна побудувати введений спектр КД на екрані в графічному вигляді з допомогою пункту меню View.
Команди меню File / Load і File / Delete використовуються відповідно для додавання нових спектрів в список робочих спектрів, що запам'ятовуються програмою, і для видалення з нього непотрібних спектрів. Щоб додати нового спектру за допомогою команди Load необхідно вказати ім'я файлу, в якому він зберігається (заздалегідь його треба записати у поточний). При видаленні будь-якого спектру зі списку за допомогою команди Delete відповідний йому файл не віддаляється, тому його завжди можна буде включити назад до списку за допомогою команди Load.
Створення та редагування груп базисних спектрів. У програмі STRUCTURE вже існує 6 зумовлених груп базисних спектрів, що відповідають різним методам аналізу спектрів КД. Ці групи мають такі імена:
PG _3_16. GRP і PG _4_16. GRP - базисні набори, що складаються з 16 спектрів, використані для аналізу авторами методу "регуляризації" [4] (Provencher & Glockner), призначені для визначення вторинної структури по 3 і 4 структурним класам відповідно (дивись нижче );
PG _3_20. GRP і PG _4_20. GRP - базисні набори, що містять ті ж самі 16 спектрів, що і в двох попередніх наборах, плюс 4 спектру денатурованих білків;
HJ _16. GRP і HJ _22. GRP - базисні набори, що складаються з 16 і 22 спектрів відповідно, використані для аналізу авторами методу "ортогональних спектрів" [7] (Henessey & Johnson), призначені для визначення вторинної структури по 5 структурним класах (дивись нижче).
У програмі передбачена можливість створення власних груп базисних спектрів. Для цього необхідно скористатися командою головного меню Group / Create, що дозволяє вибрати зі списку існуючих спектрів ті, які ви хочете включити в свій базовий набір. Аналогічним чином здійснюється редагування груп базисних спектрів (команда головного меню Group / Edit). Видалення групи базисних спектрів здійснюється за допомогою команди головного меню Group / Delete.
Вибір набору структурних типів. У програмі STRUCTURE зумовлені наступні 3 набору типів вторинної структури білка:
Provencher 3 (PG3.STR)
Набір All structures (FULL. STR) містить додаткові типи вторинної структури білка, проте він ні з однією із зумовлених груп базисних спектрів не використовується. Кожна група базисних спектрів відповідає одному з вище перерахованих наборів структурних типів. Це відповідність виглядає наступним чином: PG _3_16. GRP і PG _3_20. GRP - Provencher 3; PG_4_16.GRP і PG_4_20.GRP - Provencher 4; HJ_16.GRP і HJ_22.GRP - Johnson 5. При виборі однієї з груп базисних спектрів необхідно вибрати відповідний набір типів вторинної структури білка. Вибір потрібного набору структурних типів здійснюється за допомогою команди головного меню Options / Structure types. Запуск обчислень. Для початку обчислень необхідно скористатися командою головного меню Calculate. У що з'являється меню потрібно вибрати один із запропонованих методів обчислень. У з'являється після цього списку наявних білкових спектрів необхідно вибрати аналізований спектр. Якщо для розрахунків були обрані програми CONTIN, VARSELEC, PROVCD або DEF _ CLASS, то необхідно також вибрати групу базисних спектрів, на якій будуть засновані обчислення. Після цього проводиться запуск обчислень. Якщо для розрахунків була обрана програма VARSELEC, то необхідно також встановити порядок виключення спектрів з вихідного базисного набору для процедури "вибору змінних" за допомогою команди головного меню Options / Var. Select. Для цього необхідно вказати кількість спектрів, що виключаються на кожному кроці обчислень. Після його завдання автоматично обчислюється загальна кількість кроків, необхідних для перебору всіх можливих комбінацій. Якщо перебір всіх можливих комбінацій не потрібно, необхідно вказати номер початковій і кінцевій комбінації. Час обчислень дорівнює в середньому 1-3 хвилинах, однак може складати значно більший інтервал для програми VARSELEC при завданні дуже великої кількості комбінацій базисних спектрів. Результати обчислень можна переглянути за допомогою команди Calculate / Result. 2. Інфрачервоні спектри поглинання білків 2.1 Поглинання білків в ІК-області Поглинання світла у видимому й ультрафіолетовому діапазонах обумовлено електронними переходами в молекулах поглинаючої речовини. Поглинання світла в інфрачервоному діапазоні має іншу природу. Воно пов'язане з переходами між коливальними рівнями основного стану молекули. Смуги поглинання, що відповідають коливальним переходах, зазвичай лежать в діапазоні довжин хвиль від 2000 до 50000 нм або, як прийнято записувати для ІЧ-спектрів, в діапазоні хвильових чисел від 5000 до 200 см -1. Коливальні спектри підпорядковуються по суті тим самим закономірностям, що і електронні. Однак для коливальних переходів характерна значно менша інтенсивність, ніж для електронних. Отже, при реєстрації ІЧ-спектру зразок повинен бути набагато більш концентрованим. Крім цього, багато смуги ІЧ-спектрів білків, у тому числі відповідні пептидним хромафорам, розташовані в тій спектральній області, де спостерігається сильне поглинання води. Використання D 2 О замість Н 2 О іноді допомагає обійти ці труднощі, але не вирішує проблему повністю, оскільки повна заміна лабільних протонів білка на дейтерій часто пов'язана з втратою його нативної конформації. Описуваний нижче метод визначення вторинної структури білка заснований на використанні ІЧ-спектрів поглинання білків в Н 2 О [8-10]. Проблема, пов'язана з їх вимірюванням, була вирішена авторами методу за допомогою досить складної процедури компенсації поглинання води та використання дуже вузьких осередків (з довжиною оптичного шляху близько 6-12 мкм). Оскільки всі вимірювання проводилися в Н 2 О труднощів з підтримкою нативної конформації білків не виникало. Коливальні смуги поглинання зазвичай народжуються переходами, які можна досить точно віднести до певних хімічних зв'язків. У випадку білків найбільш цікавими є три інфрачервоні смуги, відповідні коливальним зверненнях у пептидним кістяку. Це смуги, пов'язані з розтяганням зв'язку N - H (близько 3300 см -1), розтяганням зв'язку C = O (1640-1660 см -1, смуга амід I) і деформацією зв'язку N - H (1520-1550 см -1, смуга амід II). Ці смуги досить легко зареєструвати, оскільки кожне пептидні ланка дає внесок в їх інтенсивність. Утворення водневих зв'язків при формуванні вторинної структури білка призводить до зрушення енергії цих трьох пептидних коливань. Перші дві смуги, що відповідають валентним коливанням, зміщуються в область більш низьких енергій, оскільки наявність водневого зв'язку полегшує зміщення атома азоту амідної групи і атома кисню карбонільної групи в напрямку акцептора або донора протона відповідно. Смуга амід II зміщується в бік більш високих енергій, так як воднева зв'язок перешкоджає згинанню зв'язку N - H. Вплив водневих зв'язків на смуги амід I і амід II у разі a-спіралі і b-структури виявляється різним, що дає можливість використовувати ІЧ-спектри для визначення вторинної структури білків. Нижче представлена таблиця, підсумовує дані про вплив вторинної структури на положення смуг амід I і амід II. У ній наведені положення максимумів (n 0) і значення інтенсивності в максимумах (Е 0) для смуг амід I і амід II, усереднені по декількох модельним поліпептидами і фібрилярних білків в Н 2 О [9]:
Слід зазначити, що розщеплення смуг амід I і амід II відбувається за рахунок взаємозв'язку коливань в окремих пептидних групах. На малюнку 2.1.1 представлені ІЧ-спектри трьох модельних поліпептидів, що знаходяться в конформаціях a-спіралі, b-структури і невпорядкованою форми. 2.2 Методи аналізу ІЧ-спектрів білків У цілому, проблеми, які вирішуються при аналізі ІЧ-спектрів білків з метою визначення їх вторинної структури, дуже схожі з проблемами, що виникають при аналізі спектрів кругового дихроїзму білків. При цьому також використовується набір ІЧ-спектрів білків з відомою вторинною структурою, що використовуються в якості базисних. Так, наприклад, у методі, описаному в роботах [8-10], аналіз базисного набору, що складається з 13 спектрів глобулярних білків і 6 спектрів фібрилярних білків і поліпептидів в Н 2 О в діапазоні 1800-1480 см -1, здійснюється за допомогою методів "регуляризації" [4] і "ортогональних спектрів" [6], розглянутих вище. Автори цього методу вводять додаткову процедуру, що дозволяє виключити внесок в ІЧ-спектр білка поглинання бічних груп амінокислотних залишків. Ними було показано, що цей внесок становить близько 20% від сумарної інтенсивності смуг амід I і амід II. Можливість проведення такої процедури визначається тим, що вклади в ІЧ-спектр поглинання білка від бічних груп амінокислотних залишків і поліпептидного кістяка є адитивними. Для оцінки поглинання бічних груп було проведено вимірювання ІЧ-спектрів водних (Н 2 О) розчинів амінокислот. Виявилося, що найбільш сильно поглинають в досліджуваній частині ІЧ-діапазону бічні групи амінокислот аспарагіну, глутаміну, аспарагінової кислоти, глутамінової кислоти, аргініну, лізину, тирозину, фенілаланіну і гістидину. Було виявлено також сильне поглинання заряджених a-аміно - і a-карбоксильної груп амінокислот. Тому їх поглинання також необхідно враховувати при аналізі білкового спектру. Сумарно, ІЧ-спектр білка може бути представлений в наступному вигляді: . (2.2.1) - Спектр поглинання поліпептидного кістяка білка, а - Спектр поглинання бічних груп амінокислотних залишків білка, який вираховується за формулою , (2.2.2) де - Спектр поглинання k-ої амінокислоти, - Число k-их амінокислот в білку, а - Загальна кількість амінокислот у білку. N - і С-кінцеві - NH 2 і - COOH групи білка також повинні бути включені в цю формулу нарівні з амінокислотами. Приклад виключення з ІЧ-спектру рибонуклеази А вкладу від поглинання бічних груп амінокислотних залишків приведений на малюнку 2.2.1 Таким чином, даний метод аналізу ІЧ-спектрів повністю аналогічний методам аналізу спектрів КД білків, за винятком того, що в ньому використовуються не реальні білкові спектри , а обчислені за допомогою формул (2.2.1) і (2.2.2) спектри поглинання пептидного кістяка білків. Автори методу використовували для аналізу шість типів вторинної структури білка: впорядкована (H o) і неупорядкована (H d) форми a-спіралі, впорядкована (В o) і неупорядкована (У d) форми b-структури, b-вигин (Т) і інші форми (R). До невпорядкованою формі a-спіралі були віднесені по два амінокислотних залишку з кожного боку спірального сегмента, а до невпорядкованою формі b-структури - амінокислотні залишки b-ниток, що утворюють "некласичні" водневі зв'язки. Застосування до обраного базисного набору методу "ортогональних спектрів" [6] призвело до отримання 11 ортогональних спектрів, амплітуда яких перевищує експериментальну помилку, яка виникає при реєстрації ІЧ-спектрів. П'ять "найбільш значущих" ортогональних спектрів показано на малюнку 2.2.2. Експериментальна перевірка точності аналізу ІЧ-спектрів білків на білках з базисного набору дала такі коефіцієнти кореляції (дивись розділ 1.2):
2.3 Робота з пакетом програм STRUC з аналізу ІЧ-спектрів білків Пакет програм STRUC розроблений в інституті білка РАН [10]. Він призначений для аналізу інфрачервоних спектрів поглинання білків і визначення їх вторинної структури. Алгоритм аналізу спектрів заснований на оригінальному методі авторів програми [8-10] (дивися вище). Пакет STRUC складається з наступних програм і допоміжних файлів:
Програми, що входять в пакет STRUC, не мають системи екранного інтерфейсу, і робота з ними здійснюється з командного рядка. Перед початком роботи з пакетом необхідно створити текстовий файл SOURCE (рекомендується скопіювати вже наявні) і записати в нього вихідні дані з досліджуваного білку і його ІЧ-спектром поглинання, необхідні для роботи програм. Формат цього файлу наступний:
Приклад заповнення файлу можна побачити вже наявному файлі SOURCE. Після підготовки файлу SOURCE необхідно запустити обчислення. Для цього в командному рядку слід ввести STRUC SOURCE OUT.SVD OUT.CON і натиснути кнопку [Enter]. (Назва файлів SOURCE, OUT. SVD і OUT. CON можуть бути будь-якими, слід лише дотримуватися зазначений порядок пр їх запису.) Після закінчення роботи програм результати обчислень моут бути переглянуті в файлах OUT. SVD і OUT. CON за допомогою будь-якого текстового редактора. Перша частина цих файлів містить інформацію про вхідних даних (взяту з файлу SOURCE). Далі йде набір рішень, відповідний різних комбінаціях ортогональних спектрів (у файлі OUT. SVD) або різним значенням параметра регуляризації (у файлі OUT. CON). В кінці файлів наводиться апроксимованими спектр і остаточно обране рішення. Можна переглянути також проміжні результати обчислень програм. Файл PEPT, створюваний програмою AMACIR, містить ІЧ-спектр поглинання пептидного ланцюга. Цей файл є вхідним для програм SVDIR і CONTIR. Файл AMACIR. RES, також створюється програмою AMACIR, містить дані про іонізацію окремих амінокислотних залишків при заданому значенні pH, середньому значенні маси одного амінокислотного ланки даного білка, вміст у білку азоту, а також три ІЧ-спектру поглинання: спектр білка (певний експериментально) і спектри бічних груп амінокислотних залишків і пептидного ланцюга (обчислені програмою AMACIR). Для того, щоб побудувати всі три спектру на екрані, необхідно запустити файл VISUAL. BAT. У з'являється після цього на екрані головному меню програми PLOTNIK слід вибрати пункт Suit, що дозволяє перейти до розділу завдання параметрів, необхідних для побудови графіків. Нижче перераховані основні з них:
Для одночасного побудови трьох графіків необхідно задати три набору даних (A, B і C) і вказати імена файлів, що містять ці дані:
Файли buf1.dat, buf2.dat і buf3.dat створюються програмою PLOTFL на основі даних файлу AMACIR.RES (ці файли знищуються після завершення роботи програми PLOTNIK). Після визначення настройок слід повернутися в головне меню програми PLOTNIK і вибрати в ньому пункт View. При цьому на екрані будуть побудовані необхідні графіки. Список літератури
|