Після селянської реформи 1861 року, коли в російських селах почалися хвилювання, викликані грабіжницьким характером реформи, отримала ходіння прокламація «До панським селянам». Її авторство влада вирішила приписати Чернишевського. Однак не так-то просто було розправитися зі знаменитим літературним критиком, статті якого пропускалися царською цензурою і широко друкувалися в «Современнике» і «Вітчизняних записках». Усім було відомо про його революційних симпатіях, про близькість з Герценом та іншими великими революціонерами, однак ця сторона діяльності Чернишевського була ретельно законспірована. На очах була лише його літературна діяльність. З разючою і сміливої спритністю Чернишевський умів висловлюватися у своїх статтях «між рядків». Коли в друкувалися в «Современнике» статтях про Гарібальді і в коментарях до італійських подій він з дивним завзятістю мало не в кожній фразі повторював: «в Італії», «я кажу про Італію», навіть самий безглуздий читач зрештою починав розуміти, що мова йшла про Росію і про поточні політичні події. Тим не менш формально причепитися було ні до чого.
7 липня 1862 влади, які побоювалися відкритого повстання, заарештували Чернишевського і кинули його у Петропавловську фортецю. Формальним приводом став лист Герцена, в якому говорилося про те, що він разом з Чернишевським збирається друкувати «Дзвін» за кордоном, оскільки в Росії журнал був заборонений. Але цього було мало, необхідно було пред'явити Чернишевському більш вагоме звинувачення. Але в чому? І влада пішла на прямий підлог. Відставний уланський корнет В. К. Костомаров, розжалуваний у рядові за таємне друкування «обурливих видань», людина з психічними відхиленнями і бездарний поет-графоман, щоб уникнути покарання, погодився співпрацювати з III відділенням. Підробивши почерк Чернишевського, Костомаров написав записку, нібито від Чернишевського, з проханням змінити одне слово в прокламації. Крім того, Костомаров сфабрикував ще лист, в якому нібито містилися неспростовні докази прямої участі Чернишевського у революційній діяльності. На підставі цих фальшивих доказів на початку 1864 року сенат виніс Чернишевському вирок - 14 років каторги і вічне поселення в Сибіру. Олександр II затвердив вирок, скоротивши термін перебування на каторзі на 7 років, однак фактично Чернишевський провів в ув'язненні більше 18 років.
При арешті Чернишевського були конфісковані всі його записи, в тому числі щоденник. Найбільш «небезпечні» замітки були зашифровані (досить примітивним способом), проте в цілому щоденникові записи носили досить безладний характер, до того ж їх мова і стиль виробляв досить сумбурний враження. Коли Чернишевському, який рішуче відкинув фальшивку Костомарова, стали пред'являти звинувачення вже на підставі щоденникових записів, він придумав сміливий і цікавий хід: він вирішив видати щоденник за чернетку літературного твору, а всі свої міркування - за вигадка белетриста. Більше того, існує думка (люто оспорюваного офіційним радянським літературознавством), що Чернишевський став писати «Що робити?» Лише для того, щоб виправдати утримання свого «крамольного» щоденника, який він таким чином перетворював на чернетка роману. Навряд чи причина його написання тільки в цьому, однак ця версія проливає світло на загадку роману, явно погано продуманого і написаного в поспіху. Дійсно, тон розповіді то стає недбалим і розв'язаним, то воно набуває надумані, фантастичні риси.
У радянському літературознавстві було прийнято стверджувати, що царська цензура просто-напросто «прогледіла» революційний характер твору і тому допустила його до друку. Але є й інша точка зору: цензори прекрасно бачили, що все в цьому нібито «любовному» романі шито білими нитками, проте, приймаючи до уваги повна відсутність будь-яких художніх достоїнств рукописи (про це на перших сторінках заявляє і сам автор), вони сподівалися, що прославлений публіцист і революціонер скомпрометує себе в очах освіченої громадськості такою бездарною виробом. Але вийшло все навпаки! І справа тут не в літературних даруваннях автора, але в тому, що він своєю книгою зумів зачепити за живе не одне покоління молодих людей, які сміялися над міркуваннями про Прекрасне і самої бездоганній формі воліли «корисне» зміст. Вони зневажали «марне» мистецтво, зате схилялися перед точними науками і природознавством, вони відсахується від релігії, але з релігійним запалом відстоювали віру в людину, точніше, в «нових людей», тобто - у себе самих. Син священика і шанувальник Фейєрбаха, Чернишевський, цей мученик за віру в світле майбутнє людства, відкрив дорогу тим, хто підмінив релігію Боголюдини релігією человекобога ...
Так сталося, що передсмертний марення Чернишевського записав секретар. Його останні слова дивовижним чином перегукуються з фразою, сказаною кілька десятиліть потому Зигмундом
Фрейдом з приводу своєї наукової діяльності: «У цій книзі немає Бога». Чернишевський у своїх передсмертних мареннях згадував про якийсь твір (хто знає, бути може, про свій роман?): «Дивна річ: у цій книзі жодного разу не згадується про Бога».