.
Війна 1982 року, не дивлячись на те, що Арафат таки залишив Ліван, мало сприяла миру в регіоні. Навпаки, вона сприяла зростанню радикальних мусульманських екстремістських організацій, вплив яких в палестинському рух опору стало сильнішим. Їх спочатку епізодичні випадки насильства стали більш скоординованими. Починаючи з 1987, ці групи (в основному фракції ООП, ХАМАС, Ісламський Джихад) організовують низку демонстрацій, бунтів і терористичних актів, спрямованих проти Ізраїлю. Ці демонстрації і нападу стали відомі як Інтифада.
Інтифада спалахнула 9 грудня 1987 серед палестинських арабів, що живуть на територіях окупованих Ізраїлем: у Секторі Газа, на Західному березі і в Єрусалимі. Інтифада була викликана не тільки 20-річної ізраїльської окупацією зазначених територій, а й збільшенням безробіття серед палестинських арабів. Інтифада приймала різні форми: бойкоту ізраїльських товарів, напади на ізраїльських цивільних жителів і поселенців, демонстрацій на підтримку палестинської державності, закидання камінням арабської молоддю ізраїльських солдатів. Реакцією Ізраїлю на інтифаду стало збройне придушення повстання. Тільки за 1 рік інтифади більше 300 палестинців було вбито, більше 11 000 поранено, і ще більше число - заарештовано. Ізраїль закрив університети і школи, ввів комендантську годину проте був нездатний придушити повстання. На 1990 рік Міжнародний Червоний Хрест заявив що ізраїльськими силами безпеки було вбито більше 800 палестинців, ще 16 000 перебували у в'язницях. Інтифада негативно позначилася на економіці Ізраїлю, скорочення бюджету вело до істотної безробіттю.
Проте в 1988 році Арафат і підконтрольні йому фракції ООП починають відходити від курсу спрямованого на знищення держави Ізраїль. На нараді Національної Ради Палестини, що проходила в Алжирі в 1988, були визнані резолюції ООН 2 242 і 338, які закликали Ізраїль очистити зайняті території. Незабаром Арафат оголосив про визнання права Ізраїлю на існування і відмовився від ведення терористичної діяльності, що дозволило розпочати мирний процес. Після того як 31 липня 1988 король Йорданії Хуссейн відмовився від Західного берега і Східного Єрусалиму, 15 листопада 1988 ООП проголосила створення "Держави Палестина" зі столицею в Єрусалимі, 2.4.1989 Національна Рада Палестини обрав Арафата президентом палестинської квазі-держави.