У період становлення японської держави життя було небезпечним, особливо у провінціях. І робив його таким не лише опір корінних племен. Вже кілька століть у прибережних водах промишляли пірати — вони підстерігали торгові судна та нападали на мирні селища. У внутрішніх районах, серед густих лісів, у диких горах, промишляли розбійницькі банди.
У таких умовах губернатори, полководці і знать прикордонних провінцій не хотіли та й не могли покладатися на імператорські урядові війська, а віддавали перевагу своїми силам наводити порядок. Вони створювали невеликі військові формування, що були під їхнім особистим верховним командуванням. Такі військові загони називалися бусідан, які члени — бусі. Такі ось витоки самураїв.
Зазвичай, військові загони створювалися у провінціях із представників великих японських родів. Тому ці загони по праву називають також військовими домами. Командували ними представники знаті, власники сьоенів - великих маєтків, тобто приватних земель, якими їх наділяв імператорський уряд. Великі феодали виділяли самураям земельні ділянки з прикріпленими до них селянами як винагороду за службу. Отже, самурай спочатку був і воїном, і власником земельного наділу. Щоправда, земля, що "годувала" самурая, належала найчастіше не йому, а його пану, який усіма силами прагнув розширити свій сьоен, захоплюючи нові землі у військових походах або вирубуючи ліси.
Згідно з японською традицією, всі члени роду беззаперечно підпорядковувалися його главі. Ці порядки поширювалися і на членів військового дому. Таким чином, ватажки військових загонів займали виняткове становище та зміцнювали його, щедро роздаючи землі слугам. Це багато в чому визначало дух провінційних військових домів зі своєю суворою дисципліною, світоглядом і поведінкою самураїв, які понад усе цінували вірність хазяїну та підкорення його наказам.
Спочатку типовий феодальний дім об'єднував пару десятків самураїв, проте великі землевласники стали створювати значні загони, що налічували сотні і навіть тисячі добре навчених воїнів. Двома наймогутнішими військовими будинками були будинки Тайра і Мінамото. Протягом ХІ-ХІІ ст. їм удалося підпорядкувати своєму контролю величезні території.
Смута років Хейджі (1159 - 1160). Війна Гемпей (1160 - 1185). Падіння клану Тайра:
У довгій боротьбі за владу між найбільшими домами самураїв - Тайра і Мінамото - верх взяли спочатку прихильники будинку Тайра. У 1159 р. на вулицях Кіото розігралася вирішальна битва. Деякі райони міста, зокрема той, де був знаменитий палац Саніо, було знищено вогнем. Переможець Кійоморі Тайра жорстоко розправився із переможеними прихильниками Мінамото.
Покінчивши з ними, Кійоморі усунув від влади тогочасний уряд. Священна особа імператора залишалася недоторканною, але його головним міністрам довелося піти у відставку. Кійоморі наполегливо прагнув ще більше розширити вплив свого дому. Першим успіхом цієї політики стало одруження імператора з його дочкою. А потім, в 1180 р., його онук Антоку, якому виповнилося всього три роки, зійшов на імператорський трон, ставши 81-м тенно. Уже в березні 1181 р. Кійоморі Тайра помер.
Смерть Кійоморі Тайри підірвала сили прихильників Тайра. Незважаючи на відчайдушні спроби зберегти колишню могутність, вони не зуміли протистояти далекоглядній тактиці військових дій, обраній Мінамото, і зазнавали поразки за поразкою. Проте кривава війна (історики називають її Гемпей), у якій обидві сторони боролися з неймовірним запеклістю, затягнулася: вона вирувала з 1180 по 1185 р., коли Мінамото в битві при Данноурі (бухті на схід від сучасного міста Сімоносекі) наг олову ррозбили Тайра.
Перший шьогунат (Камакура):
У той час імператор і придворна знать мали надію, що тепер, після тріумфальної перемоги над Тайра, будинок Мінамото, їхній старий союзник, поверне їм хоча б частину втраченої влади. Але вони глибоко помилялися. Насправді голова дому Ерітомо Мінамото (1147–1199), який усвідомив свою могутність, зовсім не думав "ділитися" завойованою занадто дорогою ціною владою. Навпаки, він мав намір надовго закріпити панування самураїв.
Після своєї перемоги над Тайра Йорітомо Мінамото вжив ряд радикальних заходів. У 1192 р. він оголосив себе верховним головнокомандувачем - сьогуном. Рибальське селище Камакура (біля нинішнього Токіо), де розміщувалася його штаб-квартира, він перетворив на свою резиденцію. Імператор, як посада, не зникає, але відтепер не бере участі в управлінні країною. Відтепер сьогун ставав наймогутнішою людиною в країні: найвищим за рангом самураєм і головним міністром в одній особі. Він один приймав рішення — імператорові залишалося погоджуватися з ним, інакше йому довелося б «добровільно» зректися престолу.
Щоб надати вагу своїм політичним починанням, Йорітомо створив у Камакурі новий орган управління імперією - військове управління сьогунату, що іменувалося польовою ставкою (бакуфу). На чолі бакуфу, яке складалося з двох палат - адміністративної та судової, стояв сам сьоґун.
Окремо існувало спеціальне самурайське управління. Як і сьогун, більшість його міністрів та їхніх помічників були самураями. Завдяки цьому дух самурайського стану проникнув у всі сфери життя. Камакурська держава з її інститутами - сьогунатом, бакуфу та військовим управлінням у провінціях - відкрила новий розділ в історії Японії. Хоча офіційно верховна влада державі належала імператору та й двір його зберігав свій вплив, панівне становище вони втратили.
Наприкінці XIII – на початку XIV ст. Японія вела жваву торгівлю з Китаєм та Кореєю. Завдяки їй збагачувалися як купці і ремісники, так і феодали західних і південно-західних провінцій, звідки переважно велася ця торгівля. Камакурський сьогунат, не бажаючи миритися з посиленням окремих родів, перешкоджав пов'язаній з ринком діяльності феодалів, ремісничо-торговельного люду та заможного селянства.
Це стало приводом для боротьби з існуючим режимом. Протиріччями між сьогунатом та феодалами вирішив скористатися імператор Годайго. Він, як це робили і його попередники, привернув на свій бік багатьох, незадоволених сьогунатом, впливових феодалів, у тому числі південно-західного феодала Такаудзі Асікагу та східного феодала Йосідаду Нітту.
Перші спроби розбити війська камакурського сьогунату - у 1324 та 1332 рр. - Закінчилися невдачею. Однак на початку травня 1333 р. Такаудзі Асікага захопив імператорську столицю Кіото, а Йосідада Нітта вторгся в сьоґунську столицю Камакуру.
Опинившись у безвиході, сьогун разом зі своїми 800 прихильниками урочисто вчинив самогубство. Камакурський сьогунат був скинутий.
Вторгнення Хубілая:
В середині 1274 року Хубілай відправив для завоювання Японії велику армію, числом у 30 тисяч вояків. Вона складалася з монголів, чжурчженів, китайців і корейців. Маршалом-головнокомандувачем армії був монгол Сіньду.
5 жовтня близько 1000 монгольських воїнів висадилися на пляжі о. Цушіма, після чого розбили місцеве військо та вбили тамтешнього сюгодая Сукекуні Со. Також, монголи вирізали значну частину населення. 14 жовтня монголи прибули на о. Ікі. Місцевий сюгодой Тайра но Каґетака послав проти них 100 японських воїнів, що були розбиті ворогом. Також, 1000 самураїв було вбито при обороні Хідзумського замку. Після цього Тайра но Каґетака покінчив життя самогубством. 16-17 жовтня монголи вторглися до володінь клану Саші, багато з яких було вбито.
Після цього монгольські війська висадилися на території Акасака. Побачивши їх, лідер місцевого клану Такехуса Кікучі здійснив напад. Його військо вбило 100 монгольських воїнів і змусило решту відступити до Сохару. Привівши підкріплення в тисячі бійців, монголи знову прибули до Торікаї-Ґаті. Шюенаґа Такезакі вдало напав на них, після чого його син, Мічіясу Шіраїчі, добив ворога. Монголи втратили 3500 воїнів.
Через вищеописані події, виснажена монгольська армія взялася відступати та вирушила до кораблів. Зрозумівши це, самураї взялися за нічні напади. Керівник монгольської експедиції, корейський флотоводець Хон Дангу, вирішив негайно відпливти. Через це монголи потрапили до тайфуну, який знищив все військо та кораблі.
На весні 1281 р. монгольська армія вирушила на Японію двома частинами: першу складали 900 кораблів, проте основну частину складали 100 000 (142 000) вояків з Південного Китаю на 3500 кораблях. Японські джерела також згадують близько 150 000 ворогів, що проводили вторгнення.
21 травня 1281 р. монгольська ескадра здійснила похід до о. Цушіма, де зустріла жорстокий спротив, внаслідок якого відійшла назад. 8 червня розділений на дві частини монгольський флот прибув до Умі-но-Накамічі, де був розбитий японськими військами. Японці втратили 300 людей. Хон Дагу та китайський флотоводець Чен Чжен ледь не померли. Наступного дня останній здійснив повторний удар більш організованими силами, проте був змушений ще раз відводити війська на о. Ікі. 29 червня 1281 р. японці на чолі з кланами Мацура і Такаґамі здійснили на Ікі похід. 2 липня вони висадились на пляжі Іекійо де вирізали значну частину ворожої армії. Юаньський флот відступив на о. Хірато.
5 липня 1281 р. Шьоенаґа Такесакі напав на ворожий флот та вщент розгромив його. Після цього більшість юаньських командирів втекло до Китаю.
Реставрація Кеммі:
Це трирічний період після скинення сьогунату Камакуру, час абсолютистського правління імператора Годайго в історії Японії, який супроводжувався реформами, покликаними перетворити Японію в централізовану монархію зразка IX - X століття.
У липні 1333 Імператор Го-Дайго тріумфально повернувся в столицю. Він видав накази про нагородження учасників повстання титулами і про повернення конфіскованих сьогунатом земель їх колишнім власникам. Одним із перших кроків на посаді було видання рескрипту, за яким власники земельних наділів повинні були пройти в індивідуальному порядку процедуру підтвердження Імператором свого права на володіння землею. Фактично, Імператор визначався як початковий володар всієї землі, що видавав підданим дозвіл на користування земляними наділами за службу на невизначений термін.
У жовтні 1333, на початку реставрації, Імператор заснував нові органи центральної влади: Відомство записів, яке займалося судовими позовами про підтвердження прав на землеволодіння, Відомство скарг, яке вирішувало майнові та фінансові суперечки між учасниками антисьогуновского повстання, головами маєтків і селянами, і Відомство воїнів, яке забезпечувало охорону правопорядку в Кіото і охорону Імператорського палацу.
У лютому 1334 р. Імператор змінив девіз правління на "Кеммі" і оголосив ремонт Імператорського Палацу, щоб продемонструвати свою велич. Він також планував почати карбувати власну монету і випускати паперові гроші. Імператор перепідпорядкував собі доходи з земель синтоїстських святилищ і ліквідував митниці на великих дорогах, які давали доходи місцевої знаті.
У червні 1334 р. він видав декрет благодатного правління, за якою скасував усі борги аристократії. Втім, заходи Імператора успіху не мали: самураї були не задоволені розміром винагороди за участь в антисьогунському повстанні, селяни і міщани скаржилися на збільшення податків у зв'язку з ремонтом Палацу, а в уряді продовжувалися міжусобиці. Країна поступово ставала некерованою.
Сьоґунат Асікаґа:
У квітні 1336 Такаудзі Асікага розбив проімператорскіе сили Західної Японії в битві при Татарахама на Кюсю і вирушив на схід до столиці, по Внутрішньому Японському морю. У червні того ж року він переміг основні сили противника на чолі з Кусунокі Масасіге в битві при Мінатогава і захопив Кіото. Імператор Го-Дайго втік до пристоличний монастир Енрякудзі, але був силою повернутий у столицю. У листопаді його змусили відректися від влади і передати трон з монаршими регаліями новому Імператору. Годайго не хотів миритися з поразкою, а тому втік зі столиці на південь, в район Йосіно, де проголосив себе єдиним легітимним Імператором Японії і заснував нову Південну династію. Країна вступила в епоху існування двох династій і громадянської війни - період Намбокуте.
Остання фаза цієї війни «всі проти всіх» хроніки називають сенгоку дзідай («епоха воюючих провінцій»). Тривала вона з 1478 по 1577, тобто ціле століття. Все частіше начальники загонів самураїв повставали проти даймьо (землевласники), що найняли їх, яким недавно клялися у вірності, або проганяли їх, привласнюючи собі їх володіння. Настала епоха потрясінь, яку історики називають гекокудзе («нижчі долають вищих»).
У середині XVI ст. здавалося, що ось-ось імперія, яка загрузла у громадянській війні, розвалиться на окремі держави і лише диво зможе запобігти остаточному розпаду. Диво таки відбулося.
Даймьо провінції Оварі (в центральній частині Хонсю) Нобунага Ода (1534–1582) несподівано став рятівником країни. У 1573 р. він скинув Йосіакі, останнього сьогуна з сім'ї Асікага. Але вже в 1582 р. в одному з храмів Кіото Нобунага покінчив життя самогубством, коли його оточили війська бунтівників, очолювані генералом, який його зрадив. Японія знову опинилася на межі катастрофи.
Тим, що справа об'єднання країни все-таки була продовжена, Японія зобов'язана найздатнішому з генералів Нобунагі - Хідейосі Тойотомі (1536-1598). Після смерті Нобунаги він з нещадною рішучістю продовжив справу, розпочату його покровителем. Вже до 1588 р. Хідейосі був настільки сильний, що примудрився призначити своїх намісників навіть у найвіддаленіші області країни і наказав усьому цивільному населенню, крім самураїв, здати всю зброю. У 1592 р. Хідеосі зі 137-тисячною армією напав на Корею.
У 1598 р.Хідеосі помер, залишивши владу своєму неповнолітньому синові, замість якого державними справами мала керувати регентська рада. Саме з цього кола незабаром виділилася людина, яка завершила об'єднання Японії, - Іеясу Токугава (1542-1616). Іеясу боровся із противниками об'єднання країни, які згрупувалися навколо сина Хідеосі. Зазнавши 1600 р. поразки в кровопролитній битві при Секігахарі, син Хідеосі та його прихильники влаштувалися в Осаці, місті, яке протягом 15 років було центром опозиції. Через три роки Іеясу проголосив себе сьогуном, започаткувавши сьоґунату Токугава (1603–1867). Своєю резиденцією та місцем перебування уряду він обрав місто Едо (нині Токіо).
Отже, у Японії почалася епоха Токугава, яка дарувала країні мир на два з половиною сторіччя.