Шеллінг народився 27 січня 1775 року в Вюртемберзькому містечку Леонберзі. При хрещенні його нарекли Фрідріхом Вільгельмом Йозефом. Його батько Етінгер Шеллінг, магістр Богослов'я і знавець стародавніх мов, згодом зайняв керівну посаду в протестантській церкві Вюртемберга. Сина він виховував у дусі пієтизму - лютеранського обновленчества.
У шість років Фрідріх пішов до початкової школи, у вісім приступив до вивчення древніх мов. Ще через два роки його віддали в латинську школу в Нюртенгене. Восени 1786 року вчитель заявив, що хлопчик знає всю шкільну програму. Фрідріха повернули додому і віддали в монастирське училище. У п'ятнадцять років, тобто на три роки раніше, ніж допускалося законом, Шеллінг завдяки клопотанню батька був прийнятий у Тюбінгенський теологічний університет. У студентські роки він подружився з Гегелем і поетом Гельдерлином. Їх зближення почалося на грунті політичного вільнодумства. Французька революція досягла свого апогею і хвилювала уми Тюбінгенський студентів. Шеллінг переклав з французької "Марсельєзу" і став, як і Гегель, членом політичного клубу, в якому гаряче обговорювалися революційні ідеї.
У 1795 році Шеллінг закінчує університет. Йому належало розділити долю всіх класиків німецького ідеалізму - побувати в ролі домашнього вчителя в період між академічним навчанням і академічним викладанням.
У 1797 році на молодого Шеллінга як на провідника ідей свого "Наукоученія" звернув увагу Фіхте, який уже розробляв нову систему, філософію природи. Тоді ж з'явилася робота Шеллінга "Ідеї до філософії природи", а ще через рік вийшло отримало гаряче схвалення Гете дослідження "Про світову душу. Гіпотеза вищої фізики для пояснення загального організму".
За сприяння Фіхте і Гете Шеллінг отримує в 1798 році посаду екстраординарного професора в Єні. Тут, на рубежі двох століть, так чи інакше перехрещувалися шляхи таких людей, як Шиллер, Гете, брати Август і Фрідріх Шлегель, Новаліс, Тік, Фіхте, Гегель. Завантаження та дружні зв'язки з ними сприяли тому, що Ієнський період, що тривав з 1798 по 1803 рік, став найважливішим і найбільш плідним для молодого мислителя.
Шеллінг познайомився з дружиною поета-романтика Фрідріха Шлегеля і незабаром зблизився з нею. Кароліна відчувала себе вільно серед інтелектуалів. У березні 1802 року Кароліна відправилася до чоловіка в Берлін з'ясовувати відносини. Вони вирішили остаточно розійтися. 17 травня 1803 шлюб був нарешті розірвано.
Тепер ніщо не тримало Шеллінга в Єні. Побувавши у Веймарі і попрощавшись з Гете і Шіллера, Фрідріх і Кароліна поїхали в маленький швабський містечко Мурхардт до його батьків. 26 червня Шеллінг і Кароліна одружилися. Отримавши призначення в Вюрцбург, Шеллінг на довгі роки влаштувався в Баварії.
Його вчення про природу розвинулося в епоху природничонаукових відкриттів Вольти, Гальвані, Кулона, Лавуазьє, що й знайшло своє вираження в таких творах філософа, як "Перший нарис системи натурфілософії для лекцій" (1799), "Вступ до наброску системи натурфілософії, або про поняття спекулятивної фізики і про внутрішню організацію системи цієї науки "(1799)," Загальна дедукція динамічного процесу "(1800). На формування натурфілософських поглядів Шеллінга мали безпосередній вплив дослідження І. Ріттера, К. Кільмейера, К. Ешенмайера.
Вчення Шеллінга сповістило про настання нової епохи. Бо хоча любов німецьких романтиків до природи і була велика, але вони любили її ніби заочно, у мрії. Не дивно тому, що пряма орієнтація: "обличчям до природи!" - Завоювала численних прихильників і захоплених послідовників.
Шеллинговского концепція швидко завойовувала визнання і в колах вчених. В особі великого дослідника в галузі мінералогії норвежця Генріха Стеффенса Шеллінг знайшов в 1798 році першого значного союзника з середовища натуралістів. Знайшовши в філософії природи обгрунтування медичних поглядів на Броунову теорію подразливості, бамбергский школа лікарів визнала Шеллінга своїм головою, і медичний факультет баварського університету обрала його своїм почесним доктором (1800).
Лекції Шеллінга стали сенсацією. У 1800 році з'являється робота Шеллінга "Система трансцендентального ідеалізму". У січні 1801 року вийшов черговий номер "Журналу умоглядної фізики" зі статтею Шеллінга "Про істинне понятті натурфілософії". "Як ніби йдеш в сутінках по знайомій дорозі, орієнтуєшся безпомилково, хоча навколишніх предметів не видно", - відгукнувся Гете про цю статтю.
Гегель, зниклий з поля зору Шеллінга однокашник, знову дав про себе знати восени 1800 року. Шеллінг прийняв живу участь в долі університетського друга. Допоміг переїхати до Ієну, поселив у себе. Гегель пройшов габілітацію (першим опонентом на диспуті був Шеллінг) і в якості приват-доцента почав читати курс.
Після смерті друга своєї молодості Гегеля (1831), Шеллінг не пропустив нагоди вплутатися в суперечку про справжній авторство стародавньої статті "Про ставлення філософії природи до філософії взагалі", надрукованій без підпису у "Критичному журналі філософії" (1802), заявивши, що стаття написана їм, Гегелю ж не належить в ній "ні букви".
Зміна ставлення до Гегеля дуже показово для філософської еволюції Шеллінга. Отримавши від Гегеля екземпляр щойно надрукованого першого великого його твори "Феноменологія духу", Шеллінг 2 листопада 1807 посилає у відповідь текст своєї знаменитої промови про ставлення образотворчих мистецтв до природи. Після цього листування старих університетських товаришів назавжди обривається і їхні дружні зв'язки припиняються.
З 1806 року Шеллінг живе в Мюнхені, де стає членом Академії наук і секретарем Академії витончених мистецтв.
Восени 1807 вмирає його дружина - Кароліна. Після її смерті його продовжували відвідувати ідеї, але він уже нічого не писав і не друкувався.
Після відходу з життя Кароліни Шеллінг увірував у безсмертя і при цьому зберіг свою опозицію ідеалізму. Крім літературної праці, крім читань, він знаходить заспокоєння в листуванні з Пауліною Готтер, дочкою близької подруги Кароліни. Вона називала його дружину другою матір'ю.
Досить довго вони листувалися, перш ніж Шеллінг призначає їй побачення. Дівчина справляє на нього приємне враження. 11 червня 1812 вона виходить за нього заміж.
У травні 1827 року його призначають генеральним зберігачем наукових колекцій. У серпні - президентом Академії наук.
Між початковими ідеями Шеллінга та гегелівської системою явно простежується наступність і справжній прогрес, тоді як пізніше вчення Шеллінга означає скоріше розбіжність його з колишніми своїми переконаннями і з гегелівському поглядами. "Позитивна філософія", що розроблялася приблизно з 1815 року, була викладена Шеллінгом у 90 лекціях, що представляли собою зміст пізнішого вчення, якого він дотримувався до кінця своїх днів. Вирішальним випробуванням цих нових поглядів стало читання ним лекцій у 1841-1842 роках в Берлінському університеті, куди він був запрошений королем, щоб "розправитися" з вченням покійного вже Гегеля і з неспокійними його учнями.
У лютому 1853 року Шеллінга мучать старечі нездужання, сили катастрофічно зменшуються. Він вирішує підвести підсумок, скласти духовне, філософське заповіт. Це перелік рукописів і розпорядження щодо їх долі.
Він знайшов вічний спокій 20 серпня 1854 в швейцарському курортному містечку Рагац. Там його поховали. Там стоїть йому пам'ятник з написом: "Першому мислителю Німеччини".
Пам'ятник Шеллінг поставив баварський король Максиміліан, посмертне зібрання творів видав син Шеллінга Фрідріх, обидва близькі йому як людині. Як філософ він пережив свою славу і не залишив спадкоємців.