У 1560 р. Грозний почав міняти систему свого правління. Він розпустив Обрану раду, наклавши опалу на її керівників. Поряд з деякими розбіжностями, які виникали в Івана IV зі своїми радниками, визначальну роль у цих подіях відіграла складна, не цілком здорова натура грізного царя. Володіючи багатьма талантами, тонко розбираючись в людях, він у той же час відрізнявся непомірним владолюбством і жорстокістю. У важку пору боярського засилля і народних хвилювань він зумів наблизити до себе непересічних людей і сховався за їх спинами. Однак у міру того як реформи вибраних раді стабілізували становище в країні і дали можливість добитися блискучих успіхів у зовнішній політиці, слушні, але настирливі радники почали все більше обтяжувати Івана. Щоб позбутися від них, він скористався першим приводом, боярським обмовою - Сильвестр і Адашев були звинувачені в чародійстві.
Наступні в цей же час невдачі в Лівонській війні болісно підозрілий цар сприйняв як результат грандіозної зради в своєму оточенні. Кілька бояр були страчені. Однак Грозний визнав за необхідне окремі переслідування розгорнути в цілу систему нещадного терору. Для цього він потребував спеціально відібраних виконавців. Наприкінці 1564 р. Грозний несподівано виїхав з Москви в Александрову слободу. Звідти цар прислав у столиці дві грамоти - Боярської думи і посадських людей, в яких він звинувачував бояр у зраді і заявляв, що відрікається від престолу. Посадських він при цьому повідомляв, що "гніву на них і опали немає". Це був тонко розрахований хід: московський люд відразу зажадав, щоб бояри умовили царя повернутися, погрожуючи, що інакше самі їх знищать. Грозний погодився повернутися на умові установи опричнини.
Суть нової політики полягала в поділі всього російського населення і всієї руської землі на дві нерівні частини. Велика частина, т.зв. земські надходили під нагляд опричників (спочатку 1000 чол., на поч. 1570 р. - бл. 6000 чол.). Влада опричників над земськими була повною, і користувалися вони нею не тільки в інтересах царя, а й у своїх власних. Ті російські землі, які були поставлені під опричне управління, лунали опричникам у користування, причому старі господарі-поміщики безжалісно виганяли. Опричники прагнули витиснути з наданих їм земель і селян максимум можливого. Спираючись на ці спеціально відібрані кадри. Грозний розгорнув у країні жорстокий терор, від якого постраждали не тільки бояри, а й усі інші верстви населення. Апогеєм терору став погром Новгорода: новгородці без всяких на те підстав були звинувачені в тому, що хочуть повалити Грозного і звести на престол його двоюрідного брата, старицького князя Володимира Андрійовича. Нещасний князь був отруєний, а Новгород практично стерте з лиця землі.
Довільне поділ населення на мучить і мучителів, постійні страти та погроми, розорення маси помісних господарств - все це послаблювало Русь. До того ж опричники, які, крім боротьби з ворогами царя всередині країни, повинні були ще й тримати кордони - обороняти його від ворогів зовнішніх, виявилися нікчемними воїнами. У 1571 р. кримський хан Девлет-Гірей дійшов до Москви і спалив її. На другий рік хан знову пішов походом на Русь, але на цей раз був розбитий земським військом біля села Молоді. Після цих подій в 1572 р. опричнина була скасована; землі і служивих людей об'єднали; старим господарям повернули більшу частину їх маєтків. Проте репресії продовжувалися і пізніше, до смерті Івана Грозного. Тільки тепер колишні опричники страждали від них не менше за всіх інших.
У Лівонській війні довгий час зберігалася затишшя, спричинене тим, що в Речі Посполитої (польсько-литовське королівство), де король вибирався шляхтою (дворянством), йшла міжусобна боротьба між прихильниками різних кандидатур. У 1575 р. на престол був обраний трансільванський князь Стефан Баторій, неабиякий державний діяч і полководець. До кінця 1570-х рр.. він захопив більшу частину Лівонії і переніс військові дії на російську територію. У 1581 р. Баторій осадив Псков, але взяти його не зміг. Героїчна оборона міста зупинила подальший наступ поляків. У 1582-му в м. Ямі-Запольської було укладено перемир'я з Польщею; в 1583 р. - зі Швецією в м. Плюсс. За їх умовами Росія втратила всі свої надбання в Лівонії і, крім того, змушена була віддати шведам свої старовинні міста Ям і Копор'є на узбережжі Фінської затоки. Т.ч., затяжна (25 років), коштувала величезних витрат і втрат війна не принесла Росії ні найменшого успіху.