Атоми об'єднуються в молекули завдяки хімічним зв'язкам. Причому беруть участь в утворенні цих зв'язків електрони, що знаходяться у зовнішньому шарі цих атомів. Існує декілька теорій, що описують процес зв'язування. Одна з них - теорія валентних зв'язків, відповідно до якої зв'язку між атомами утворюються, коли атоми обмінюються електронними парами з перекриваються орбіталей. Інша - теорія молекулярних орбіталей.
Такого роду приблизні теорії корисними, оскільки ми отримуємо простий, інтуїтивно зрозумілий спосіб представлення фізичних процесів. З іншого боку, сучасні комп'ютери дають нам можливість з високою точністю обчислити енергії зв'язку, однак такі обчислення нітрохи не наближають нас до розуміння того, що ж відбувається, коли атоми з'єднуються. Роль теорій якраз в тому і полягає, щоб дати нам це розуміння.
В основі теорії молекулярних орбіталей лежить уявлення про те, що електронна орбіталь в атомі описується хвильовою функцією (див. Рівняння Шредінгера). Теорія пояснює, як при протіканні хімічної реакції атомні орбіталі перетворюються у молекулярні. Подібно до більшості відомих нам типів хвиль, хвильові функції електронів в орбіталях зазнають інтерференцію. Виявляється, орбіталі в молекулах можна, з хорошим наближенням, представити як результат інтерференції хвильових функцій атомів.
Наприклад, розглянемо, що відбувається при взаємодії двох атомних орбіталей сусідніх атомів. Якщо в області перекривання орбіталей хвильові функції зазнають конструктивну інтерференцію, електрони велику частину часу проводять між ядрами, притягаючи атоми один до одного. З іншого боку, якщо інтерференція в області перекривання деструктивна, електронна щільність між ядрами дорівнює нулю, і між атомами виникає результуюча сила відштовхування. Таким чином, дві атомні орбіталі об'єднуються з утворенням двох молекулярних орбіталей: одна прагне зв'язати атоми (зв'язує молекулярна орбіталь), а інша - відштовхнути їх (розпушуються молекулярна орбіталь). І їх взаємодія визначає, чи буде утворена стабільна молекула.
Щоб зрозуміти, як працює ця модель, спробуємо розібратися, чому водень утворює молекулу з двох атомів, а гелій - з одного. В освіті зв'язку між двома атомами водню участь за одним електрону від кожного атома, а на нижчому (зв'язує) молекулярної орбіталі як раз є місце для двох електронів. Електрони основний час знаходяться між ядрами, значить атоми притягуються і молекула водню може утворитися. У гелію ж в освіті зв'язку між двома атомами беруть участь чотири електрона, тому зайняті як зв'язує, так і розпушують атомні орбіталі. Чисельні обчислення показують, що в цьому випадку буде переважати ефект відштовхування, і, навіть якщо молекули гелію утворюються, вони будуть вкрай нестабільні. Тому молекула газу гелію складається з одного атома.