Ставши сьогуном, Йорітомо заснував свій центр військового командування, відомий як польова ставка або наметове штаб (бакуфу), в Камакура. Він конфіскував маєтки родини Тайра і їх прихильників, призначив у кожну провінцію губернаторів / протекторів (сюго), а також помісних начальників (Дзіто), створивши таким чином фінансову систему, що дозволяє утримувати регулярні військові сили і підтримувати їх боєздатність. Період правління військового уряду, заснованого Йорітомо, отримав назву Камакурського сьогунату (1185-1333 рр.). Система землеволодіння, при якій існувала наступна зв'язок: власник - керуючий - орендар - працівник, стала більш воєнізованої. Члени нових об'єднань, контрольовані різними кланами, повинні були практикуватися з використання різних видів зброї. До того ж лідери гарантували собі привілеї, що стали згодом непорушними. Після смерті Йорітомо в 1199 році влада Мінамото перейшла до сім'ї Ходзьо, члени якої раніше були васалами Тайра. Вони явили себе майстерними державними діячами, реорганізувавши порядок престолонаслідування і правила обрання чиновників, також члени цієї родини перерозподілили конфісковані землі, реформували механізми управління та збору податків, розвинули культуру і мистецтво, а також сприяли поширенню школи Дзен. Крім цього Ходзьо згуртували клани для відображення монгольського нашестя в 1274 і 1281 роках, що сильно спустошило скарбницю. Це спричинило чергову реформу: торговцям було заборонено вимагати борги з військового стану; також чиновники присвоїли собі землі, оголосивши себе їх власниками, а сильні землевласники розширювали свої маєтки за рахунок більш слабких сусідів. У цей період смути імператор Годайго спробував об'єднати незадоволених феодалів проти ставки в Камакура і в 1334 йому вдалося в деякій мірі відновити імператорську владу (не без допомоги Такаудзі з клану Асікага). Однак на наступний рік Такаудзі вигнав імператора з Кіото, посадив на трон його конкурента і встановив свою диктатуру (сьогунат Асікага, 1336-1568 рр..) Такі події спричинили за собою новий виток міжусобиць, коли Південна династія імператора Годайго протистояла Північної династії маріонеткового імператора Такаудзі. У провінціяв у свою чергу виникали локальні осередки влади. У цю епоху відданість кожного члена клану своєму безпосередньому начальству була лише блідою тінню того, чим вона стала пізніше.
Проте багато західні спостерігачі залишили описи «нечестивого» поведінки японців - вони зрадили свого пана, поверталися до нього і знову зраджували; також відзначалися загальна схильність до грабежів, шантажу і крайньої жорстокості. І ось на піку цього загальнонаціонального хаосу, протягом доби, зазначеної появою перших європейців (1543 р.) і подальшим поширенням вогнепальної зброї (Танегасіма Тепп, або залізні прути з Танегасіма), з'явилися три людини, що володіють значно більшою політичною далекоглядністю і рішучістю, ніж їхні співвітчизники: Ода Нобунага, Тойотомі Хідейосі і Токугава Іеясу. Іеясу проголосив себе сегуном в 1603 р., але в 1605 р. номінально відмовився від влади на користь свого сина, підкресливши тим спадковий характер влади дому Токугава. Його клан, який встановив в країні військову диктатуру, протягом 267 років визначав курс японської історії аж до того моменту, коли в 1868 році влада була номінально повернена імператору, після чого Японія почала швидкий, але болісний перехід від феодального ладу до сучасному розвиненому державі. Іеясу отримав «у спадок» хоч і виснажену, але добре укріплену Японію: по всій країні рясніли замки і форти всіх видів і розмірів, які споруджувалися скрізь де тільки можна було - кожен стратегічно важлива ділянка був добре укріплений. Більш докладно про будову, призначення та внутрішніх спорудах японських замків Ви можете прочитати в статті Архітектура японських замків. У цій великій мережі з укріплень, якими керували незалежні войовничими кланами, мешкали простолюдини, які в усіх відношеннях були невільниками. До моменту монополізації влади кланом Токугава воїни по всій країні володіли тими формальними якостями, які Іеясу довелося визнати і включити в державний закон. Військові ранги були організовані вертикально, у спадному порядку, згідно важливості і багатству Верхню частину цієї ієрархічної градації займав дайме, який часто був нащадком колишнього провінційного протектора або намісника. Далі розташовувалися: - воїни вищого рангу (кюнін), що мають свої власні маєтки, - воїни середнього рангу (гокенін, дзікан), підлеглі кюнін, - піші воїни нижчого рангу (асігару) зі своїми зброєносцем і слугами. Під ними всіма, на провінційних територіях, під ретельним наглядом трудилася ціла армія селян, прив'язаних до землі. У великих містах цивільне населення було розділене на кілька професійних класів і складалося в основному з невеликої кількості великих землевласників, багатих купців і лихварів, які керували різними гільдіями і корпораціями торговців, ремісників і селян, прив'язаних до родючих земель навколо міст. Нижче розташовувалися підмайстри, селяни-орендарі і слуги, чиє становище було близьким до рабства. На дні цієї соціальної драбини знаходилися артисти, носильники, чужинці, жебраки, а ще нижче, і за межами суспільства, волочили своє жалюгідне існування парії або недоторканні (ця). Всі ці класи, з усіма їх категоріями та рангами у результаті вступили в конфронтацію з першим сегуном з клану Токугава.