До моменту захоплення Єгипту римськими військами населення країни було готове до створення єдиного в етнічному та культурному відношенні суспільства. Римські правителі робили все можливе, щоб зупинити цей процес. По-перше, Рим підозріло ставився до східних товариствам з притаманними їм культурою і релігією, а по-друге, досвід римських завоювань підказував, що управляти роздробленою країною набагато легше. Історичні документи, які стосуються періоду римського панування, свідчать про те, що сільське населення Єгипту було розділене римлянами на соціальні та етнічні категорії, громадський статус яких залежав від розміру і частоти виплат подушного податку, встановленого ще при Птолемеях і запозиченого новими правителями Єгипту. Від сплати цього податку були звільнені проживали в Єгипті громадяни Риму, громадяни Олександрії та інших грецьких міст, а також деякі єгипетські жерці. Полугрекі (елінізоване населення столиць номів) мали податкові пільги, а єгипетські селяни були зобов'язані виплачувати податки в повному обсязі.
Здавалося б, така політика мала на увазі соціальне піднесення грецького і еллінізованій населення Єгипту, але незабаром частина жителів країни виявила, що державні та інші почесні посади в системі управління коштують дуже дорого. Траплялося навіть, що влада силою нав'язували ці почесні посади окремим громадянам. Податковий прес ставав все важче, і селяни-одноосібники, і сільські громади інколи вимушені були обробляти землю собі у збиток і не могли розраховувати на послаблення - розмір податку не скорочувався навіть у неврожайні роки. Коли ж, як нерідко траплялося, що зневірилися селяни кидали свою ділянку, їх борг розподілявся між тими, хто залишався і продовжував працювати. Часом населення цілих сіл покидало свої землі.
Заворушення в Олександрії
Рим здійснював ефективний військовий контроль над Єгиптом, і до 172 н.е. в країні не відбувалося серйозних повстань місцевого населення, крім поодиноких повстань в Олександрії. Незабаром після приходу римлян греки Олександрії звернулися до римського імператора за дозволом створити у місті рада по самоврядуванню (буле). Невдоволення олександрійських греків відмовою Риму загострилося через низку поступок, наданих римлянами єврейській громаді. Євреї з'явилися в еллінізованій Єгипті ще при перших Птолемеях, які запрошували єврейських воєначальників на військову службу. В останні роки правління династії євреї нерідко командували єгипетськими арміями. Чисельність єврейського населення в Єгипті була значною, особливо в Олександрії, де на момент захоплення країни римлянами два міських кварталу з п'яти були заселені євреями. Коли євреї звернулися з проханням про надання їм олександрійського громадянства (що було передумовою отримання римського громадянства), місцеві греки з обуренням сприйняли цю ініціативу. Крім того, грецька сторона була незадоволена впливом, яким євреї користувалися в римському імператорському суді. Протиборство між греками та євреями виплеснулося в насильницькі дії, і обидві сторони направили в Рим свої депутації. Погляд євреїв на це протиборство відображений у роботах Філона, а думка грецької сторони - у памфлеті Acta Alexandrinorum і в листі римського імператора Клавдія, датованого 41 н.е. У 115 невдоволення євреїв вилилося у повстання, що охопило Єгипет і Кіренаїку. Через два роки, коли повстання було придушене, чисельність єврейського населення в Єгипті істотно скоротилася.
Запровадження християнства
Інформація про ранньому етапі християнства в Єгипті практично відсутня, оскільки його прихильникам доводилося приховувати відданість релігії, що заперечує обожнювання імператора і держави. Таким чином, відомості про поширення християнства до його остаточного затвердження в 4 ст. украй мізерні. Однак у письмових документах про язичницьких жертвоприношеннях, що відносяться до часу правління імператора Деція (249-251), згадуються особи, які добровільно висловили свою лояльність римському імператору і його богам, і християни, яких переконали відмовитися від своєї віри.
Судячи з усього, процес поширення християнства в Єгипті відбувався швидко, охоплюючи населення різних районів незалежно від їх етнічної приналежності чи соціального становища. Церковна організація, що влаштувалися в Олександрії, потім поширила свій вплив і в центри номів. До 2 ст. у єгипетських християн вже з'явилися свої вчені-богослови. Найбільш відомі з них - засновник олександрійської школи Климент (бл. 150-215) та Оріген (бл. 185-253 або 254).
Римські реформи
Коли при імператора Септимія Севера в 202 в столицях номів були створені місцеві сенати, показна система самоврядування стала додатковим тягарем для еллінізованій верхівки країни, оскільки саме на неї тепер було покладено управління Єгиптом. Будь-який заможний чоловік, що відхилила пропозицію зайняти місце в сенаті чи іншій почесний державний пост, міг бути позбавлений майна. Дарування в 212 імператором Каракалла прав римського громадянства всім підданим імперії означало, що тепер крім подушного єгиптянам належить виплачувати і ряд інших податків. Єгипетські документи, що відносяться до 3 ст., Свідчать про що панувала в країні економічної розрухи.
Основа податкової системи зазнала зміна в 3 ст., Коли подушний податок став поступово замінюватися натуральним податком. Введення натурального податку заклало основу для радикальної реорганізації фіскальної системи при імператорі Діоклетіані (284-305); тепер обсяги справляння натуральних податків у деяких провінціях Римської імперії повинні були визначатися в ході періодичного обліку (цензу) неоподатковуваних людей і земель. Відповідно до адміністративними реформами Діоклетіана була змінена система управління в римських провінціях. Так, Єгипет був розділений на три адміністративні одиниці, при цьому військова влада перебувала в руках одного чиновника. При наступників Діоклетіана було здійснено ряд інших реформ, відповідно до яких номи були замінені системою самоврядних округів.
Роки правління імператорів Діоклетіана і Галерія стали епохою жорстоких утисків християн. Твердий національний характер єгиптян проявився після закінчення релігійних переслідувань в організації чернечого руху, який прославився своєю суворою дисципліною. Монастирська організація, створена в Єгипті такими ієрархами церкви, як Антоній і Пахомій протягом століть була прикладом для європейського чернецтва.
Розкол в єгипетській церкви
Християнство в Єгипті формувався в умовах тиску з боку зберігалася стародавньої язичницької культури, гонінь Риму і виникнення ряду нових змагалися релігійних і філософських течій, які, на переконання християн, представляли собою єресі. Одне з них, гностицизм, виникло одночасно з християнством. Гностики користувалися християнськими священними рукописами і створювали власні роботи духовного змісту, багато з яких були виявлені згодом у Єгипті. Протягом 3-4 ст. особливою популярністю в Єгипті користувалося маніхейство, дуалістичне філософський напрямок, що затверджувало поділ світу на добро і зло. Збереглося кілька маніхейських рукописів коптською мовою, написаних з використанням грецького алфавіту з додаванням ряду букв, запозичених з єгипетського демотичне листи. З поширенням коптської писемності з ужитку практично вийшли три давньоєгипетських шрифта: ієрогліфічний (на якому з давніх часів залишали написи на храмах і пам'ятниках), ієратичних (на якому в греко-римський період створювалася релігійна література) та демотичним (використовувався в діловодстві та світської літератури) . Ці шрифти були віддані забуттю і були розшифровані тільки на початку 19 ст. французьким єгиптологом Шампольон.
Використання коптської мови знаменно також з точки зору виникнення місцевого релігійного спрямування в єгипетській християнської церкви. Це була мова ченців, численність і релігійне завзяття яких перетворювало їх у серйозну силу в ході теологічних диспутів, які непокоїли церква в 4-5 ст. Правда, найвідоміші з них - єпископ Олександрійський Афанасій (328-373), противник аріанської єресі, і єпископ Олександрійський Кирило (412-444), що сприяв падінню несторіанства, - писали свої праці на грецькій мові. Дух завзяття і твердої віри у свої переконання, характерний для єгипетських християн, особливо проявився на Халкидонському соборі, на якому наступник Кирила патріарх Олександрійський Діоскор виступив на підтримку монофізитських навчання. За рішенням цього собору монофізитство було оголошено єрессю, а сам патріарх був позбавлений влади. Єгипетська церква відмовилася підкорятися рішенню собору, вирішивши піти на розкол. У 5 ст. майже по всьому Єгипту поширилося християнство монофізитського толку.