4 червня, в ході своєї першої прес-конференції на новій посаді, Путін повідомив, що керівництво країни буде приділяти більше уваги регіональної політики, контроль за виконанням президентських доручень, розпоряджень та указів на місцях посилиться, однак не слід очікувати "закручування гайок". Путін також розповів про результати своєї діяльності на посаді глави ЦКУ - виявлені зловживання (зокрема, у вигляді нецільового використання бюджетних коштів) та порушених кримінальних справах. Так, Путін вказав на порушення, виявлені у фінансовій діяльності компанії "Росвооружение", і триваючу перевірку цієї організації. Згодом журналісти пов'язували цю перевірку з інтригами проти керівника "Росвооружения" Євгенія Ананьєва, який врешті-решт був відправлений у відставку.
15 липня 1998 Путін змінив Сергія Шахрая на посаді голови Комісії при президенті РФ з підготовки договорів про розмежування предметів ведення і повноважень між федеральними органами державної влади та органами державної влади суб'єктів Російської Федерації.
Під час свого недовгого перебування на посаді куратора регіонів Путіну, зокрема, довелося займатися непростими відносинами між Осетією і Інгушетією. Є думка, що Путін прийняв участь в цьому процесі, оскільки Єльцин уже готував його до нової посади - керівника ФСБ. Стверджувалося також, що саме призначення Путіна першим заступником голови адміністрації було проведене, "далеким прицілом" на посаду директора ФСБ. На рахунку тодішнього директора служби Миколи Ковальова були серйозні провали в роботі, і його відставку визнали абсолютно передбачуваною. Путіна ж ще в червні 1998 року називали його можливим наступником. Тим не менше, сам Путін стверджував, що нове призначення стало для нього несподіванкою.
Спостерігачі відзначають, що під час роботи в адміністрації Путін був "непомітним", закулісним діячем, і, можливо, саме "старання і скромність" Путіна допомогли йому завоювати прихильність президента і його оточення. Так чи інакше, в кінці липня 1998 Путін очолив Федеральну службу безпеки. З одного боку, причиною призначення називали лояльність Путіна президентському оточенню і той факт, що його політичні уподобання були відомі і не вселяли побоювань. З іншого боку, спостерігачі відзначали, що, незважаючи на свої численні зв'язки в істеблішменті країни (в першу чергу - з Чубайсом), Путін - достатньо незалежна і самостійна фігура.
27 липня прем'єр-міністр Сергій Кирієнко представив нового керівника апарату ФСБ, охарактеризувавши Путіна як людину, що має досвід роботи в спецслужбах та боротьби з економічною злочинністю. Путін у своєму виступі зауважив, що повертається у ФСБ як "у свій рідний дім" і налаштований на велику конструктивну роботу. Тим не менш, у книзі "Від першої особи" він згадував, що сприйняв нове призначення без ентузіазму.
Якщо вірити повідомленням преси, без ентузіазму поставилися до призначення Путіна і багато кадрових співробітники ФСБ - через його невисокого для поста керівника служби звання (підполковник запасу) і з-за напрямки його колишньої роботи в КДБ - Путін не був контррозвідником, працював по лінії зовнішньої розвідки. Згідно з іншою версією, у ФСБ призначення нового директора сприйняли швидше байдуже, і це можна пов'язати з чутками про незабаром майбутню заміну Путіна. Голова Комітету з безпеки Держдуми комуніст Віктор Ілюхін назвав заміну Ковальова Путіним "несподіваною і абсолютно нерівноцінною" і пояснив її недовірою президента до силових відомств. Існувала версія, згідно з якою в Кремлі запідозрили, що Ковальов мало не готував змову, аналогічний змови 1991 року; тому його нібито і змінили на більш "мирного" Путіна.
На думку багатьох журналістів, призначення Путіна було викликано бажанням Єльцина більшою мірою спиратися на підтримку спецслужб і обіцяло початок "повсюдного та неприкритого політичного розшуку". Офіційно перед Путіним була поставлена ​​задача посилення боротьби з економічними злочинами, але справжньою його метою називали забезпечення переобрання Єльцина на третій термін або, у разі неучасті президента у виборах, благополучну передачу влади його наступникові. Тут ключову роль міг зіграти досвід Путіна у внутрішньополітичних і економічних питаннях, на який вказав у своєму виступі Кирієнко.
Путіну треба було реформувати ФСБ, значно скоротивши її центральний апарат (з 6 до 4 тисяч чоловік). Співробітники центрального апарату чекали майбутні кадрові перемін із занепокоєнням. Деякі, не чекаючи масових звільнень, самі йшли у відставку. Багато хто був упевнений, що на ключові місця будуть призначені вихідці із Санкт-Петербурга. Дійсно, посади в колегії ФСБ отримали генерали Віктор Черкесов, Сергій Іванов, Олександр Григор'єв, колишні товариші по службі Путіна по Ленінграду, а в жовтні 1998 року заступником Путіна став Микола Патрушев.
Невдовзі після призначення Путін дав інтерв'ю газеті "Комерсант". Він стверджував, що істотних змін чисельності ФСБ не буде. В якості пріоритетного напрямку роботи назвав економічну безпеку, відзначивши також значення протистояння іноземним розвідкам, розвитку комп'ютерних розробок і вдосконалення антитерористичних спецпідрозділів. Путін також не схвалив ідею міністра внутрішніх справ Сергія Степашина про необхідність злиття МВС і ФСБ. В інтерв'ю Путіна було згадано справу знаходиться "у вигнанні" у Франції Анатолія Собчака. На думку директора ФСБ, на той момент ніщо не заважало поверненню Собчака в Росії. Журналісти відзначали, що знаходився під слідством Собчак був єдиним, хто публічно схвалив призначення Путіна главою ФСБ. Ймовірно, Собчак і його дружина Людмила Нарусова розраховували, що Путін допоможе навести справу до благополучного для колишнього мера результату. Собчак стверджував, що порушена проти нього справу - можлива провокація проти його "учня". Нарусова ж заявила, що учасники слідчої групи Генпрокуратури, що займається справою її чоловіка, пов'язані зі злочинним світом і дані про це їй нібито надав сам Путін. Однак Путін повідомив, що ніякими подібними відомостями його служба не має в своєму розпорядженні. Ходили чутки, що відліт Собчака до Франції був організований Путіним, але сам він це заперечував. На думку журналістів, зв'язки з Собчаком були серйозною загрозою для репутації Путіна, і йому доводилося "відбиватися" від неприємних питань, пов'язаних з колишнім мером. На початку 2000 року, незадовго до смерті Собчака, Путін в інтерв'ю повідомив, що переслідування Собчака було ініційовано Олександром Коржаковим і Олегом Сосковца і що проти колишнього мера "грали дуже брудно".
У вересні 1998 року Путін брав участь у засіданні ради керівників органів безпеки і спецслужб країн СНД в Киргизії. Зустріч була присвячена питанням протистояння тероризму та релігійного екстремізму.
Одним з напрямків роботи Путіна стала протидія сформованої тенденції, в рамках якої мер Москви Юрій Лужков і губернатор Санкт-Петербурга Яковлєв надавали все більший вплив на регіональних керівників ФСБ.
У листопаді 1998 року, виступаючи в Державній Думі, Путін повідомив про факти корупції в різних органах влади і прийнятих за цими фактами заходи: порушення справ проти співробітників Держкомстату, Державної інвестиційної корпорації, Московського інвестиційного банку та інших структур. Директор ФСБ заявив: "Ми зробимо все для того, щоб повернути в лоно держави ті ресурси, ті об'єкти власності державної, які державі повинні належати".
На посаді директора ФСБ Путін займався низкою гучних справ. У сфері його діяльності виявився скандал навколо антисемітських висловлювань депутата Держдуми Альберта Макашова. У листопаді 1998 року Путін просив Генпрокуратуру позбавити Макашова депутатської недоторканності. Путін стверджував, що необхідно не просто привернути до відповідальності Макашова, але і законодавчо встановити механізм припинення діяльності екстремістських політичних організацій. У грудні 1998 року Путін увійшов до складу опікунської ради Міжнародного фонду захисту від дискримінації. Директор ФСБ особисто брав участь у розслідуванні великого корупційного скандалу в Свердловській області, що розгорівся на початку 1999 року навколо зв'язків між ГУВС Єкатеринбурга та організованими злочинними угрупованнями. Брав участь у розслідуванні терористичного акту у Владикавказі 19 березня 1999. Приділяв підвищену увагу ходу справ про вбивства в Санкт-Петербурзі Михайла Маневича та Галини Старовойтової.
1 грудня 1998 Путін увійшов до складу Міжвідомчої комісії з оптимізації державного оборонного замовлення.
У листопаді 1998 року великий резонанс отримав скандал, пов'язаний з ім'ям Бориса Березовського. Група офіцерів ФСБ виступила по телебаченню і заявила, що керівництво служби нібито підбурював їх до вбивства виконавчого секретаря СНД Березовського. 13 листопада в газеті "Комерсант" було опубліковано відкритий лист Березовського, в якому він повідомив про існування всередині спецслужби "якогось змови партноменклатури, що покриває злочинців", про початок гонінь на "людей, не згодних йти в стійло". Хоча епізод з підбурюванням ставився до часу керівництва попередника Путіна, Ковальова, новий директор ФСБ відреагував на заяву Березовського вкрай жорстко. Він заявив, що його служба не бере участі ні в яких політичних іграх і, навпаки, захищає в рамках закону конституційний лад і безпеку особистості, суспільства і держави. Путін засудив втручання будь-яких політичних сил у роботу ФСБ, яка, за його словами, повинна спрямовуватися тільки президентом. Будь-які спроби подібного втручання директор ФСБ розцінив як дестабілізуючі обстановку в країні.
Скандал поставив під загрозу репутацію Путіна і його відомства. Свою стурбованість ситуацією, що склалася на зустрічі з Путіним висловив президент. Путін після цього заявив: "У разі підтвердження відомостей про злочинну діяльність наших співробітників, незалежно від звань і посад, ми безжально позбавляємося від них і передаємо матеріали до прокуратури".
Скандал навколо заяви офіцерів ФСБ журналісти пов'язували з підкилимними процесами боротьби за владу. Різкий виступ Путіна проти Березовського пояснювали прихованої кампанією з "видавлювання" виконавчого секретаря СНД з політики і бізнесу. Березовський зі свого боку, на думку журналістів, також вів війну за владу, першою жертвою якої повинен був стати Путін, а кінцевою метою - прем'єр-міністр Євген Примаков. Попередник Путіна Ковальов стверджував, що Березовський за допомогою скандалу продовжує спроби підірвати вплив ФСБ. Ці спроби нібито почалися під час перебування Березовського заступником секретаря Ради безпеки, коли він намагався створити підконтрольну СБ спецслужбу, на чолі якої повинен був стати Олександр Литвиненко - один з офіцерів, згодом виступили зі скандальною заявою. Журналісти прийшли до висновку, що з протистояння Путін вийшов переможцем: Березовський був зміщений з поста виконавчого секретаря СНД, а полковник Литвиненко заарештований за звинуваченням в застосуванні протизаконних методів оперативної роботи.
Ще в жовтні 1998 року Путін був введений до складу Ради безпеки РФ в якості постійного члена, а з березня по серпень 1999 року обіймав посаду секретаря цієї структури.
У числі претендентів на цей пост, який раніше обіймав Микола Бордюжа (трохи раніше він був також звільнений з посади глави президентської адміністрації), фігурували Сергій Кирієнко і Віктор Черномирдін. Після того як ні з одним з них не вдалося досягти прийнятної для Кремля домовленості, коло кандидатур обмежився керівниками силових відомств. Як вважають журналісти, вибір з їх числа робився за принципом найменшої лояльності кандидата прем'єр-міністру Примакова. Саме через близькість до Примакова була відкинута кандидатура директора СЗР В'ячеслава Трубникова. Путін же за час прем'єрства Примакова, навпаки, орієнтувався на підпорядкування не главі уряду, який намагався контролювати роботу "силовиків", а Кремлю. Таким чином, причиною кар'єрного зростання Путіна знову стали його "чекістська" обережність і відданість Єльцину. Існувала думка, що призначенням Путіна Єльцин намагався врівноважити висунення на пост глави адміністрації Олександра Волошина, якого вважали людиною Березовського. Багато спостерігачів сходилися в тому, що з новим призначенням Путін відчутно розширив свій вплив, отримавши додаткові важелі контролю над силовими відомствами, і це дозволило журналістам говорити про значне підвищення його статусу як самостійного політика.
В іншому, нове призначення Путіна призвело спостерігачів до різних висновків. Одні вважали, що слід очікувати швидкого злиття СБ і ФСБ. Інші вважали, що Путін недовго суміщатиме дві посади, і навіть називали його можливим наступником як глава ФСБ все того ж Трубнікова. Треті вели мову про зниження політичної ваги Ради безпеки. Четверті вважали, що Путіну взагалі загрожує швидке звільнення, так як він буде не в силах впоратися з тими завданнями, з якими зіткнеться на новій посаді. Сам Путін, вступивши на посаду, заявив, що не планується змін у керівництві ФСБ, а також у діяльності і структурі Ради безпеки.
Протистояння Кремля з прем'єром, комуністами в парламенті і генеральним прокурором Юрієм Скуратовим і, на додаток до цього, ситуація в Чечні, криза на Балканах і боротьба з політичним екстремізмом - ось чим повинен був зайнятися Путін і в чому не досяг успіху його попередник Бордюжа. Комуністи в Думі намагалися повернути проти Єльцина хвилю антиамериканських настроїв через югославського кризи і виношували плани імпічменту президента. Позиції комуністів були посилені тим, що в уряді Примакова ліві отримали значне представництво на ключових постах. Два відданих Єльцину "силовика" - Путін і Степашин - повинні були стати опорою Кремля в протистоянні з Думою і Примаковим. Як стверджують журналісти, саме на них покладалося завдання в кінці кінців "розчавити" Скуратова, який оприлюднив безліч компрометуючих матеріалів проти Кремля і сам став фігурантом гучного скандалу. Путін і Степашин зіткнулися з опозицією навіть усередині власних відомств, і їм довелося вдатися до кадрових перестановок. Так, саме з діяльністю опозиційної, яка перебувала під впливом Примакова, фракції усередині ФСБ журналісти пов'язували видачу в квітні Генеральною прокуратурою ордери на арешт Березовського за фінансові махінації: всім було відомо про "війні" Березовського з Примаковим.
Під час перебування Путіна на посаді секретаря Ради безпеки на засіданнях під його керівництвом було обговорено низку тем. По-перше, ситуація в Північнокавказькому регіоні, зокрема в Чечні, у травні 1999 року, вже після затвердження Степашина на посаді прем'єр-міністра, Путін став ініціатором президентського указу, який збільшив роль підрозділів ФСБ на Північному Кавказі. По-друге, розглядалися перспективи російсько-білоруського співробітництва в галузі безпеки. По-третє, мова йшла про розвиток ракетно-ядерного потенціалу Росії перед обличчям усталеною в світі гегемонії США, яка була продемонстрована в ході югославського кризи.
Саме ситуація на Балканах стала темою засідання Радбезу в день відставки прем'єра Примакова 12 травня. Коментар Путіна був досить різким: "Росія не задовольниться роллю технічного кур'єра в югославському кризі, який буде лише перевозити пропозиції з однієї країни в іншу ... Відбувається одностороння спроба зламу того світопорядку, який був створений після Другої світової війни під егідою ООН. Ми повинні відреагувати на цей виклик і в концепції національної безпеки ". Ситуацію на Балканах і питання російсько-американських відносин у галузі безпеки Путін неодноразово обговорював по телефону "гарячої лінії" з помічником президента США з національної безпеки Семюелем Бергером. Після одного із засідань Ради безпеки в червні Путін заявив, що в тому, що балканський криза вступає у фазу політичного врегулювання, - неоціненна заслуга Росії. Путін також займався питаннями російської участі у миротворчій діяльності в Косово.
У червні 1999 року ходили чутки про те, що Путін змінить Волошина на посаді глави президентської адміністрації. На початку серпня преса писала про два можливі сценарії: передбачалося, що Єльцин відправить у відставку або Волошина, або Степашина, і Путін розглядався як можлива заміна в обох випадках.

Прем'єр-міністр, виконуючий обов'язки президента (1999-2000)

9 серпня 1999 Путін був призначений виконуючим обов'язки голови уряду Російської Федерації, на цій посаді змінив відправленого у відставку Сергія Степашина. Крім того, Єльцин у телевізійному зверненні представив Путіна як свого наступника на президентській посаді. Путін тут же заявив про твердий намір балотуватися в президенти в 2000 році.
На першому засіданні уряду, що проводиться під його головуванням, Путін повідомив, що відставка Степашина обумовлена ​​не "негативною оцінкою дій прем'єра та уряду, а бажанням президента напередодні виборів до Держдуми, виборів президента, а також у зв'язку із загостренням ситуації на Кавказі змінити внутрішньополітичну конфігурацію в країні ". Необхідність зміни "внутрішньополітичної конфігурації" пояснювали існували всередині уряду протистоянням між Степашиним і першим віце-прем'єром Миколою Аксененко. В уряді Путіна вплив Аксьоненко, який грав роль головного представника президентської "родини" у кабінеті, повинно було зійти нанівець.
Новий уряд повинен був забезпечити спокійну підготовку до президентських виборів. Крім того, відставку прем'єра пов'язували з майбутніми в 1999 році парламентськими виборами: Степашин не зміг нічого протиставити об'єднанню "Вітчизни" і "Всій Росії" і відмовився від ідеї власної участі в цьому блоці. Значне посилення створеного Лужковим "Батьківщини" почалося ще в січні, паралельно йшло створення губернаторських блоків, у квітні Ментімером Шаймієвим була створена "Вся Росія" - об'єднання цих сил становило для Кремля серйозну загрозу.
Спостерігачі відзначали, що чергова зміна уряду могла стати для Єльцина необачним кроком: новому прем'єру складно було за час, що залишився домогтися підтримки виборців. Згідно з повідомленнями преси, про небезпеку подібної перестановки Єльцина застерігав і Чубайс. У день призначення Путін заявив про намір забезпечити спадкоємність політики нового кабінету по відношенню до колишнього курсу уряду. Наступність повинна була зберігатися як в економічній політиці, так і щодо прийнятих Степашиним рішень щодо стабілізації ситуації в Дагестані. Тим не менш, журналісти в якості одного з можливих сценаріїв передбачали серйозне посилення політики в цьому регіоні і внутрішньої політики взагалі, аж до введення в країні надзвичайного стану та скасування найближчих президентських виборів. Сам Путін назвав подібні припущення "інсинуаціями".
Так чи інакше, в Путіні бачили "тверду руку", яка повинна була завоювати симпатії російських виборців. Цю роль пророкували ще Степашину, якого навіть порівнювали з Аугусто Піночетом, але він виявився занадто "слабким". На думку журналістів, пріоритети нового глави уряду шикувалися в наступному порядку: лояльність Кремлю, потім силові заходи і тільки потім економіка.
За словами Путіна, він усвідомлював, що вступ на посаду глави уряду в такий складний період може стати кінцем його кар'єри, але вважав своїм обов'язком зробити все можливе, щоб покарати "цих бандитів". Коли журналісти запитали його, як би він поставився до свою швидку відставку, Путін відповів: "Значить, не впоралися".
У цілому, період роботи Путіна на чолі уряду проходив під знаком кавказької політики. Призначення відбулося на тлі вторгнення бойовиків до Дагестану, а у вересні федеральні війська були направлені до Чечні. У цей же час в Росії сталася серія вибухів житлових будинків, провина за які була покладена на чеченських сепаратистів. У суспільстві ходили чутки про те, що насправді вибухи були зроблені спецслужбами для виправдання рішучих дій проти Чечні (рішення про військової операції в Чечні було прийнято саме після вибухів). Путін назвав подібні припущення "маячнею собачою".
10 серпня на засіданні Федеральної антитерористичної комісії Путін заявив, що період наведення порядку в Дагестані триватиме два-три тижні, а потім підуть узгоджені з керівництвом республіки заходи щодо стабілізації місцевої влади. На наступний день Путін повідомив, що не бачить необхідності вводити надзвичайний стан в захоплених бойовиками районах Дагестану, а також пообіцяв знищити "міжнародний набрід", здійснив терористичну акцію. Значну увагу було також приділено питанням матеріального забезпечення військовослужбовців.
На думку спостерігачів, Путіну вдалося не тільки провести ефективну операцію в Дагестані, але й покласти край депресії, що охопила армію після розпаду СРСР - прем'єр поставив перед військами амбітну мету щодо повернення Чеченської республіки під контроль федерального центру. У результаті, в короткий термін війська зайняли 80 відсотків території Чечні. Путін підкреслював, що держава діє в інтересах чеченського народу, який підтримує Москву і повинен бути звільнений від "злочинного режиму".
Критики бачили великий ризик у ставці, зробленої Путіним на порядок і дисципліну: як історичної аналогії приводили політику Юрія Андропова, що опинилася неефективною. Тим не менш, саме дії в Чечні зумовили значне зростання популярності Путіна в країні (його передвиборний рейтинг перевищив 50 відсотків), і саме з чеченської політикою пов'язували результат парламентських виборів 1999 року.
Парламентські вибори були вдалими для Путіна. Друге місце за кількістю отриманих голосів зайняв проурядовий блок "Єдність" (його відрив від лідера - КПРФ - склав менше одного відсотка), значну підтримку отримав "Союз правих сил", також заявив про підтримку кандидатури Путіна на пост президента. Комуністична опозиція, навпаки, втратила абсолютної більшості в Думі. Спостерігачі пов'язували успіх "Єдності" і СПС з особистою популярністю Путіна, тим більше що "Єдність" на чолі з Сергієм Шойгу було створено незадовго до виборів, а СПС не називали в числі основних фаворитів. За словами журналістів, влада кинула всі наявні сили на просування "Єдності". Очолюваний Примаковим і Лужковим блок "Батьківщину - Уся Росія" на парламентських виборах показав значно гірший результат, ніж "Єдність" і КПРФ. Це було особливо важливо, оскільки Примаков і Лужков вважалися політиками, здатними скласти Путіну конкуренцію в боротьбі за президентське крісло.
31 грудня 1999 президент Єльцин достроково пішов у відставку, і Путін став виконуючим обов'язки президента РФ. Першим документом, підписаним Путіним у новому ранзі, став указ про матеріальних та інших гарантіях його попередникові, що викликав значне невдоволення лівої опозиції.
Підводячи підсумки 1999 року, журналісти відзначали, що результати парламентських виборів і затвердження Путіна в ролі наступника президента привели до значної стабілізації обстановки в країні. У числі що стоять перед Путіним питань називали слабкість національної економіки, неприйняття його політики Заходом і стався в Чечні перехід ініціативи від федеральних військ до сепаратистів. Сам Путін, описуючи свої відчуття від роботи на посаді виконуючого обов'язки президента, заявив про свій "задоволенні", яке приносило йому "приємне почуття відповідальності".

Перший президентський термін (2000-2004)

У 2000 році Путін вперше в житті балотувався на виборну посаду. У зв'язку з цим спостерігачі згадували одне з його інтерв'ю, дане двома роками раніше. Тоді Путін, кажучи про своє небажання брати участь у виборах, пояснював це тим, що в ході передвиборної кампанії кандидат змушений давати нездійсненні обіцянки, а отже, або не віддавати собі звіту в сенсі власних слів, або навмисно брехати. Увага також приваблювала кар'єра Путіна. Його прихильники вказували на період його роботи в адміністрації Собчака як на свідчення його прихильності реформ. Супротивники, зокрема Григорій Явлінський, навпаки, акцентували увагу на роботі Путіна в радянських спецслужбах і представляли його прихильником старого політичного ладу і його методів.
У ході виборчої кампанії Путіна була опублікована книга "Від першої особи. Розмови з Володимиром Путіним". В одному з інтерв'ю, включених в цю книгу, в якості можливого шляху вирішення поставлених перед Росією завдань Путін назвав монетизацію пільг, в майбутньому - найбільш непопулярний елемент його політики. У цілому ж, у Путіна не було політичної платформи як такої. Ще в 1999 році, на початку свого прем'єрства на питання про його політичній платформі як кандидата в президенти Путін відповів: "Головне моє завдання - щоб стало краще жити народові. А політичну платформу виробимо потім". Пізніше, в 2001 році, відповідаючи на питання про те, якою він бачить Росію в 2010 році, Путін сказав: "Ми будемо щасливі".
У період перед виборами, на думку критиків, керівництво країни намагалося нав'язати виборцю ідею про відсутність альтернативи Путіну, і саме з цією метою він був призначений виконуючим обов'язки президента. Згідно з результатами соціологічних опитувань, за Путіна мали намір голосувати не тільки прихильники "Єдності" і СПС, а й деякі прихильники КПРФ і "Яблука" - хоча лідери цих партій також брали участь у виборах. Майбутні вибори, як вважали спостерігачі, повинні були по суті стати легітимізацією вже існуючого "режиму Путіна".
26 березня 2000 Путін був обраний президентом РФ, здобувши перемогу в першому турі виборів, і вступив на посаду 7 травня 2000 року. У своїй інавгураційній промові Путін приділив головну увагу необхідності зберегти єдність країни і зміцнити державу. Саме з цим завданням був пов'язаний один з найбільш значних кроків Путіна під час його першого терміну - реформа федеративного устрою країни. У 2000 році були створені сім федеральних округів і призначені повноважні представники президента в кожному з них. За словами Путіна, цей крок був спрямований на усунення загрози розпаду Росії. На думку критиків, реформа виявилася не цілком вдалою: одним з її результатів стала розгорнулася боротьба за владу між повпредами і главами суб'єктів федерації. Кампанія щодо посилення централізації в державі отримала продовження пізніше - після переобрання Путіна в 2004 році.
У березні 2001 року Путін провів першу кадрову перестановку в уряді. На посту міністра оборони маршала Ігоря Сергєєва змінив Сергій Іванов. Після цього, аналізуючи склад уряду і президентської адміністрації, спостерігачі виділяли дві основні фракції: представників колишнього оточення Єльцина на чолі з Волошиним і вихідців з Санкт-Петербурга, що прийшли у владу разом з Путіним. Говорили також про групи "силовиків" і економістів-реформаторів.
Важливу роль під час першого терміну Путіна відігравало розвиток відносин між владою і так званими олігархами - великими бізнесменами, які мали важелі впливу на політику країни. На думку спостерігачів, в 2000 році Путін уклав з олігархами неофіційна угода: Кремль зобов'язався поважати їх права власників, а вони повинні були підтримувати політичний курс Кремля. Ще в 1999 році, коли у Путіна, що вступив на посаду прем'єра, журналісти запитали про його стосунки з олігархами, відповідь була така: "Ні з ким з олігархів я нічого не маю". Тим часом вже в 2000 році почалося протистояння між Путіним і Березовським. Березовський колись, як вважають журналісти, брав участь у просуванні Путіна як наступника Єльцина: нібито при підготовці до президентських виборів ключову роль зіграло підконтрольне Березовському державне телебачення. Тепер же Березовському довелося розробляти проект опозиції "авторитарної влади" Путіна.
За Березовським пішов Володимир Гусинський. Цей олігарх був витіснений з медіабізнесу, і держава поступово встановило повний контроль над центральним телебаченням Росії. На думку західних спостерігачів, шляхом жорстких заходів щодо російських ЗМІ Путін дав зрозуміти, що останнє слово з приводу таких принципових питань, як війна в Чечні, завжди буде залишатися за президентом.
Третім в ряду опальних олігархів став Михайло Ходорковський. Фактично, глава компанії "ЮКОС" став змагатися з Кремлем, надаючи фінансову підтримку найбільшим опозиційним силам: від "Яблука" до КПРФ. Більш того, Ходорковський на зустрічі підприємців з президентом відкрито кинув виклик Путіну, піднявши тему державної корупції в нафтогазовій галузі. У результаті 25 жовтня 2003 опальний олігарх був заарештований за звинуваченням в ухиленні від податків і шахрайстві. Справа Ходорковського і "ЮКОСа" залишалося одним з найгучніших новинних приводів і під час другого президентського терміну Путіна. 31 травня 2005 суд над Ходорковським завершився, і під безперестанній протести опозиції і зарубіжних критиків колишній олігарх був засуджений до дев'яти років позбавлення волі. 22 вересня 2005 термін був скорочений на один рік.
Жорстку політику відносно олігархів багато спостерігачів вважали ризикованою, оскільки саме великий бізнес відігравав значну роль в економічному розвитку країни. Проте економічні успіхи Росії у перший президентський термін Путіна спостерігачі вважають вражаючими. Середній річний приріст ВВП становив 6,5 відсотка, спостерігався профіцит бюджету та зовнішньої торгівлі, зовнішній борг зменшився з 50 відсотків ВВП до 30, зросли валютні резерви. Припинилося втеча капіталів, підвищився добробут населення. Однією з основних причин цих досягнень називають виключно високі ціни на нафту, проте значну роль також зіграли зовнішньо-та внутрішньополітичні зусилля Путіна.
У зовнішній політиці Путіну вдалося зміцнити відносини з Європейським Союзом і США, розвинути співробітництво з НАТО, підготувати Росію до вступу в СОТ.
Ключову роль в цей період відігравали двосторонні відносини з США. Доброзичливі стосунки між Путіним і Джорджем Бушем-молодшим зав'язалися під час їхньої першої зустрічі в Любляні в червні 2001 року, після якої Буш повідомив, що побачив "душу" президента Росії і що Путіну можна довіряти. Надалі двом сторонам вдалося досягти згоди щодо американських планів створення НПРО, врівноважити їх продовженням переговорів зі скорочення ядерних озброєнь.
Після терористичних актів 11 вересня 2001 року Путін зайняв проамериканську позицію. Відразу після терактів він запропонував США допомогу Росії, а в травні 2002 року два президенти підписали в Москві договір про скорочення стратегічних наступальних потенціалів, який став поворотною віхою в розвитку двосторонніх відносин у галузі контролю над озброєннями. За підписанням цього договору послідувало угоду про створення нової Ради Росія-НАТО, в якому країни альянсу і РФ повинні мати рівні голосу в питаннях протистояння тероризму та іншим загрозам безпеки.
Війну 2003 року в Іраку Росія не підтримала, проте, на думку спостерігачів, Москві вдалося зайняти обережну позицію і уникнути фатального розриву відносин з Вашингтоном. У результаті двосторонні відносини з США в цілому розвивалися в позитивному руслі.
Дослідники говорили про те, що Путін прийняв стратегічне рішення і змінив зовнішньополітичний курс Росії, направивши його на зближення з США і Заходом в цілому. На думку дослідників, зовнішньополітична діяльність Путіна характеризувалася енергійністю та прагматизмом, дозволила зміцнити міжнародні позиції Росії і завоювати прихильність Заходу: зокрема, зменшився обсяг критики на адресу російських дій у Чечні. Тим не менш, саме Чечня залишалася основним приводом для критики Росії з-за кордону. Крім того, західні політики та ЗМІ дорікали російського президента в "згортанні демократії".
Під час першого президентського терміну Путіну неодноразово доводилося стикатися з масштабними громадськими кризами. У серпні 2000 року сталася катастрофа підводного човна "Курськ" у Баренцовому морі, в результаті чого загинули 118 осіб. Під час цієї кризи репутація Путіна серйозно постраждала. Отримавши інформацію про аварію на АПЛ, Путін не побажав перервати відпустку і прибути до місця події. Ще більше невдоволення президент викликав своєю реплікою під час інтерв'ю, даного американському телеведучому Ларрі Кінгу 8 вересня. На питання про долю підводного човна Путін з посмішкою відповів: "Вона потонула".