Сталося справжня битва, в результаті якого повсталі були розбиті. Часу для коливань не було. Два призвідника були висаджені на пустельний берег, а інші були страчені. Сорок чоловік команди були закуті в кайдани. Порядок був відновлений, але попереду лежав ще дуже важкий шлях. Насувалася холодна, сувора зима. Магеллан горів нетерпінням обігнути Америку і вийти у Велике Південне море. В кінці квітня Сант-Яго отримав наказ дослідити дорогу на південь. Решта кораблів стали його чекати. Час тягнувся повільно. Одного разу на березі з'явився тубілець гігантського зростання. Він був одягнений в грубі шкіряні чоботи і витанцьовував якийсь дивний танець. У пам'ять цього випадку іспанці назвали країну Патагонією (Країна великих ніг). Слідом за першим тубільців прийшли ще інші. Потім з'явилися ще дві людини, що танцювали від холоду. У темряві їх було теж прийняли за тубільців, але вони виявилися матросами з Сант-Яго. Матроси розповіли, що, вийшовши з бухти, вони відкрили річку, яку назвали Санта-Крус. Але незабаром після цього їх корабель розбився під час шторму. Команда врятувалася, але відчайдушно голодувала. Ці два матроси кілька днів брели по безбережної болотистій рівнині. Магеллан послав на допомогу потерпілим двадцять чотири особи з двомісячним запасом провізії. Врешті-решт, після незліченних труднощів, команда Сант-Яго повернулася, але корабель був втрачений. 24 серпня флот вийшов з Пуерто Сан-Хуліан і попрямував на південь. Зимові шторми ще не скінчилися, але кораблі сяк-так просувалися вперед і через два дні увійшли в гирло річки Санта-Крус. Тут мандрівники набрали прісної води, наловили риби і вбили декілька лам для поповнення м'ясних запасів. 18 жовтня флот вийшов з Санта-Крус і 21-го обігнув великий мис, який моряки назвали мисом Одинадцяти Тисяч Дев. За ним серед похмурих скель починався вузький прохід, який міг бути або гирлом річки, або протокою. Спробували воду, вона була солоною. Очевидно, це був довгоочікуваний протоку. Плавання в протоці вимагало великого мистецтва. У вузьких заплутаних каналах припливи були виключно сильні. З-за великої глибини не вдавалося стати на якір. Дулі зустрічні вітри, а ночами налітали шторми, які приносили льодовий холод зі снігових вершин, облямовувала берега. Ночами серед пустельних скель, що лежали на півдні, спалахували вогнища тубільців. Іспанці назвали це місце Тіерра дель-Фуего (Вогняна Земля). На наступний день Сан-Антоніо і Консепсіон вирушили на розвідку протоки. Через два дні кораблі повернулися, відкривши кишевшей дрібними рибками річку, яку вони назвали рікою сардинок, та на північний-захід від неї мис Десеадо (Бажаний).
Під час другої розвідки Сан-Антоніо зник. Бунтівники захопили цей корабель і попрямували на ньому назад в Іспанію. Але в той час ніхто у флоті про це не знав. Барбоса повернувся до мису Одинадцяти Тисяч Дів і кораблю, який вважали зниклим, залишив там прапор з інструкцією. Нарешті 18 листопада три залишилися корабля знайшли вихід з протоки і вийшли в Тихий океан. Іспанці потрапили в океан під час штилів, і тому Магеллан назвав його Тихим. Але хоча на ньому не було штормів, все ж таки це плавання було болісним випробуванням. Прісна вода закінчувалася, їжа теж, а кораблі, підганяли непрекращавшиеся попутним вітром, всі бігли так бігли по безмежних водним просторами. Хробаки погризли залишки сухарів, почалася цинга. Подорожуючі ослабли, їх шкіра покрилася виразками, особи зблідли. Люди вмирали. 24 січня кораблі пропливли повз пустельного острова, 4 лютого пройшли повз іншого пустельного острова. Мандрівники назвали їх нещасливими островами (нині вони називаються острів Сан-Пабло і острів Акул). Продукти скінчилися. Люди здерли шкіряну оббивку з рей, чотири дні мочили її в море, потім смажили і їли. Щоб хоч чим-небудь набити собі шлунки, моряки їли також тирсу. Щури, якщо їх вдавалося зловити, вважалися ласим блюдом і продавалися за полдуката. Але щури були худі, вони теж голодували. Нарешті 6 березня здалися острова. Тубільці зустріли прибульців недружелюбно. Сталася сутичка, під час якої тубільці втратили сім чоловік, а у іспанців була вкрадена шлюпка. Захопивши лише мізерні припаси, моряки знову знялися з якоря і вийшли в море. Іспанці назвали ці острови Ладронес, що значить Розбійницькі. 16 березня нарешті мандрівники підпливли до квітучого острова Самар (у групі Філіппінських островів). Тубільці Самара виявилися більш гостинними, ніж жителі розбійницьких островів. Моряки дістали у них досхочу продуктів і прісної води. Зав'язалася торгівля. Магеллан і король обмінялися візитами. Магеллан ретельно зайнявся зверненням мешканців Самара в християнство. Через деякий час кораблі рушили далі. Флот наближався до острова Себу; Магеллан розумів, що його мандрівки підходять до кінця. Встановлення зв'язку з уже відкритими землями Старого Світла було лише питанням часу. Один зустрівся їм тубілець вже розумів мову слуги Магеллана, вивезеного ним з Малакки. Під час стоянки кораблів у острова Себу між вождем цього острова і вождем незалежного племені на маленькому острівці Мактан виникла міжусобна війна. Магеллан вважав, що він має підтримати своїх новонавернених друзів, і вплутався у війну. Він взяв сорок чоловік зі своєї команди і на декількох великих човнах вирушив на Макган.
Але так як тубільців виявилося дуже багато, Магеллан тільки встиг спалити частину села, а потім його загін був відсунутий до берега і змушений був рятуватися, кинувшись до човнів. Моряки з човна Магеллана билися довше всіх, прикриваючи відступ інших. Двічі шолом командира був збитий з його голови, але він знову одягав його і продовжував стріляти. Магеллан був поранений в ногу, в обличчя йому потрапила отруєна стріла, а він, перебуваючи вже по пояс у воді, не переставав битися. Але в той момент, коли він озирнувся, щоб переконатися, чи всі його люди благополучно сіли в човни, удар дерев'яного меча збив його з ніг. Ряди тубільців зімкнулися над ним. Магеллан впав у воду, але тубільці продовжували наносити йому удари мечами. Вісім людей загинули разом зі своїм командиром, решта врятувалися в човнах. Позбувся свого адмірала флот відплив до острова Бохол. Командування взяли на себе Барбоса і Ель-Кано. Останній довів кораблі до Іспанії і там же потрапив під суд за повстання та непокору. І хоча по справедливості саме Ель-Кано треба вважати першою людиною, обігнув земну кулю, однак всі визнають, що тільки завдяки енергійності і волі Магеллана цей похід взагалі відбувся. У числі інших чеснот, писав про своє капітана його історіограф Антоніо Пигафетта, він відрізнявся такою стійкістю в найбільших мінливості, який ніхто ніколи не мав. Він переносив голод краще, ніж всі інші, безпомилковіше, ніж хто б то не було в світі, вмів він розбиратися в навігаційних картах. І те, що це так і є насправді, очевидно для всіх. Магеллан загинув у 1521 р. На пустельному березі о. Мактан, де знайшов смерть Магеллан, йому поставлений пам'ятник у вигляді двох кубів, увінчаних кулею.