У цей день на Аптекарському острові, де розташовувалися апартаменти Столипіна, був прийомний день, до Столипіну приходило багато людей для того, щоб він допоміг вирішити їм їхні проблеми. Один верб відвідувачів, якому пощастило вижити, розповів, що до під'їзду під'їхало ландо з двома чоловіками у жандармської формі. "Жандарми" ці дуже порушили підозра старого-швейцара і складався при Столипіні генерала Замятіна неправильністю форми. Справа в тому, що за два тижні до цього було змінено жандармський головний убір, що приїхали ж були в старих касках. До того ж вони надто обережно несли портфелі. Швейцар і Замятін, почуя недобре, кинулися в передню, щоб перекрити шлях. "Жандарми" кинулися в передню і кинули портфелі на підлогу. Вибух був дуже сильний. Велика частина дачі була зруйнована. Самі революціонери були розірвані на шматки. У результаті вибуху загинуло 27, поранено 32 людини в тому числі і діти Столипіна: маленький трирічний син був поранений, чотирнадцятирічна донька Наталя отримала тяжкі каліцтва. Сам глава сім'ї не постраждав, у момент вибуху він перебував у своєму робочому кабінеті, який знаходився в протилежному кінці дачі.
Після вибуху його родина і він переїжджають на Фонтанку. Пам'ять про вибух часто турбувала Столипіна, він приписував всю провину собі за кров і сльози, за покалічені життя людей, постраждалих від вибуху, коли його звинувачували в зміні поглядів, він відповідав: «Так я думав до Аптекарського острова». Після 12 серпня престиж Столипіна піднявся серед міністрів. Для всіх він став прикладом моральної сили. Родині Столипіна не довго довелося жити на Фонтанці, незабаром государ запропонував Столипіну оселитися в Зимовому палаці, там було легше організувати охорону сім'ї.