Японці завжди цікавилися власними старожитностями. Підтвердженням цьому може служити велика кількість історичних творів, що з'являлися в Японії принаймні з VIII ст. Цей інтерес досить рано проявився і по відношенню до артефактів, які представляли собою предмет колекціонування.
Однак скільки-небудь систематичне вивчення та колекціонування древніх пам'яток матеріальної культури почалося тільки в період сьогунату Токугава, в XVII столітті. До цього японські знавці старожитностей основну увагу приділяли все-таки аналізу повідомлень в письмових джерелах або цікавилися тим, що ми сьогодні називаємо "історичної археологією", в орбіту якої традиційно входили палаци імператора і знаті, а також буддійські храми.
Так, до цього часу відносяться перші спроби систематичного вивчення курганів: великий феодал з князівства Міто (суч. префектура Ібаракі) Токугава Міцукуні в 1692 р. провів розкопки і обміри одного з них (після цього він відновив споруду). У період Токугава був також складено список і проведені обміри близько двохсот поховань курганного типу в Фукусато (префектура Окаяма). З'явилися і вчені трактати, присвячені курганів. Їх авторами були Сайто Саданорі, Яно Кадзусада, Гамо Кумпей; останній спробував створити типологію еволюції курганів, виходячи з їх форми. Камеі Наммей припустив, що виявлена в 1784 р. золота печатка була ні чим іншим, як знаком інвеститури, врученим китайським імператором місцевим японському правителю, про що повідомлялося в китайській хроніці "Хоухань-шу". Аоягі Таненобу досліджував похоронні керамічний посуд та інвентар поховань у провінції Тікудзен (суч. префектура Фукуока).
Проте професійне впровадження сучасних наукових методів археологічних досліджень почалося тільки після реставрації Мейдзі (Мейдзі исин) і було пов'язане з іменами таких вчених як американський біолог Е. Морс, англієць В. Гоуленд та ін
Піонером японської археології по справедливості вважається Е. Морс. Прибулий до Японії в 1877 р. для дослідження молюсків, він виявив у Оморі поблизу Токіо доісторичну "раковин купу", схожу на ту, що він раніше розкопав в Новій Англії. Отримавши викладацьку посаду в Токійському університеті, Морс провів її розкопки і відвідав зі своїми студентами безліч інших стоянок. Частина учнів Морса після його від'їзду самостійно продовжила археологічні дослідження.
В. Гоуленд, підданий Великобританії, пов'язаний за своїми службовими обов'язками з монетним двором у Осака, обстежив ряд курганних поховань в районі Осака-Нара під час свого перебування в Японії в 1872-1888 рр.. Саме з його ім'ям пов'язують нині початок по-справжньому наукового вивчення курганного періоду. Його детальні описи і малюнки справили великий вплив на становлення японської археології.
Формування сучасної археологічної школи в Японії можна віднести до початку XX ст. У 1896 р. в країні було організовано Археологічний суспільство. Перший курс з археології був прочитаний у 1909 р. в університеті Кіото.
Сучасне археологічне справа поставлена в Японії на найвищому рівні. На заздрість археологам решти світу археологічні дослідження фінансуються в достатньому обсязі, самі розкопки і аналіз знахідок ведуться з застосуванням самих останніх досягнень науково-технічної думки.
Слід визнати, що саме археологія внесла останнім часом найбільш вагомий внесок у вивчення японської давнини. Причому це стосується не тільки суто археологічних, безписемних періодів (що було б тільки природним), а й історичного часу. Може бути, особливо плідним у цьому відношенні було виявлення моккан - епіграфіки на дерев'яних табличках, - що відносяться до VII-VIII ст.
В кінці 60-х років на території Японії було зареєстровано близько 90 тис. археологічних пам'яток. Через 30 років їх кількість зросла до понад 300 тис. Вражає також і обсяг виконуваних археологічних досліджень: кожен рік роботи ведуться на 9-10 тис. об'єктів (для порівняння, в 1961 р. - на 408), щорічно випускається близько 3 тис. монографій, присвячених археологічної тематики.
Настільки стрімке зростання числа знахідок пояснюється тим, що бурхливому промисловому розвитку країни супроводжував бум розкопок на місцях новобудов, проводити які повинна в Японії законом. Правда, незважаючи на це, експерти сходяться на думці, що 40 тис. вже відкритих археологічних пам'яток будуть безповоротно загублені ще до кінця XX ст.
Розкопками в Японії займаються як університети (зареєстровано близько 5 тис. професійних археологів), так і місцева влада і аматори. Робота археологів викликає інтерес не лише серед професіоналів. Вона має і величезний суспільний резонанс. Цілком звичайним є винесення повідомлень про нові знахідки на перші шпальти газет, їх обговорення в якості найважливіших подій на телебаченні.
Поряд з шанобливим ставленням японців до власної історії взагалі, це пояснюється і властивою їм потребою в етнічної самоідентифікації, першорядну роль в якій масова свідомість в даний час відводить саме історичним і археологічним дослідженням (у 70-80-х роках цю роль грали етнографічні дослідження та спостереження іноземців, що стосувалися особливостей японської культури, способу життя, національного характеру). У числі безпосередньо пов'язаних з археологічними дослідженнями проблем, на яких фокусується суспільну увагу, можна назвати:
- Етногенез японців (антропологічні дослідження, що стосуються періодів Дзьомон і Яйої);
- Визначення місцезнаходження стародавньої держави Яматай і пошуки поховання його правительки Хіміко в похованнях курганного типу;
- Місце розташування і пристрій палаців ранніх японських правителів (включаючи період Нара);
- Дослідження по дорожній інфраструктурі періоду Нара.
Набрані японськими археологами темпи досліджень настільки високі, що не тільки допомагають вирішенню наукових проблем, але створюють деякі нові. Справа в тому, що в результаті виникла істотна регіональна нерівномірність у добуванні та освоєнні археологічного матеріалу, який стосується країн Далекого Сходу. Скажімо, для адекватного розуміння ранньої історії Японії виключно важливе значення мають результати роботи археологів на Корейському півострові через надзвичайно тісних контактів древніх японців (і протояпонцев) з цим регіоном. У зв'язку з цим явне відставання археологічних досліджень у Південній Кореї і в КНДР створює не тільки суто наукові проблеми, але й зі значною народженням нових міфів щодо минулого. Так, згадані моккан були запозичені японцями у корейців, але в даний час на Корейському півострові їх знайдено лише трохи більше сотні, а в Японії - близько 200 тис. На підставі цього факту напрошується висновок про набагато більш значне поширення писемності в Японії. Проте слід мати на увазі, що археологічні дослідження проводяться в Японії з набагато більшим розмахом, з чим, можливо, і пов'язано більше число знахідок.
У будь-якому випадку, однак, археологічні джерела по своїй природі такі, що не дозволяють, як правило, скласти на їх підставі повну і однозначну історичну картину. Наявні дані завідомо неповні і піддаються постійній і серйозної ревізії.
Відповідно, існуючі їх інтерпретації також відносні і в будь-який момент можуть бути піддані перегляду - як через нових знахідок, так і в силу нових підходів.